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用scanpy做单细胞分析,如何去除周期细胞的影响

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-07 17:14

在Scanpy中去除周期细胞的影响可以通过以下步骤实现:

  1. 使用细胞周期基因集对单细胞数据集进行细胞周期分析
  2. 使用回归方法将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正

具体实现步骤如下:

  1. 使用CellCycleScoring函数计算细胞周期分数。
  2. 代码示例:

    sc.tl.score_genes_cell_cycle(adata, s_genes=s_genes, g2m_genes=g2m_genes)
  3. 将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正,可以使用AnnData对象的regress函数实现:
  4. 代码示例:

    sc.pp.regress_out(adata, ['S_score', 'G2M_score'])

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发布时间
2023-06-07 17:05
更新时间
2023-06-07 17:14
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