blast

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chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-08 22:22
blast NT库
问答 本地nt库blastn时添加staxid，taxid号一列显示N/A
chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，遇到nt库blastn时添加staxid参数，但比对结果的taxid号显示为N/A，可能有以下几个原因导致： 1. 错误的数据库文件：确保你下载的nt.gz文件没有损坏，并且成功解压缩。你可以尝试重新下载该文件，并确保其完整性。 2. 数据库构建问题：确保使用make...
张建鹏张建鹏 回复了问题 2023-05-31 16:36
blast
问答 已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？
张建鹏: 你可以先将二代数据比对到参考基因组上，将比对到已知基因上的reads提取出来，使用二代组装软件从头组装；或者首先从头组装不同水稻材料S1 S2 S3，获得contigs，然后使用已知基因的序列去blast组装的contigs
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-21 11:31
blast
问答 blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本
孟浩巍: 问题描述很清楚呀！我给你提供一个思路吧：   1. 建立dict, key是你的蛋白名，value 是一个list，长度为4 对应你的4个物种，里面需要存储你的分数值和蛋白名；   2. 开始循环，获得蛋白名，然后获得这个蛋白名对应的list，根据物种来比较分数，如果分数值大于list中存的分数就替...
Kevin_LyuKevin_Lyu 回复了问题 2018-08-27 21:59
blast
问答 求教一个blastn的问题
Kevin_Lyu: 这里的关于输出内容的截图的信息不完整呀，看已经截取的信息里面，norovirus所在的位置是subject_id的位置呀，往右边拉应该是可以看到identity的呀
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