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孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 16:59 Chip_Seq: 问答 ChIP-seq测序深度

孟浩巍: 一般可以用downsample的方式部分解决这个问题。我有两个建议： WT先去加测6个G；在等待加测数据回来的过程中，把WT的数据downsample，具体也很简单，要么就是BAM文件直接downsample，用samtools view 命令即可；要么就是在原始reads的时候就用h...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 11:01 二代测序: 问答两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异

孟浩巍: 大概率你是pair end（双端）测序。去重的时候，是按照序列的5’端和3‘端进行去除的。因此可能带有突变的序列被去重了。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 10:59 motif分析: 问答 meme寻找大鼠的motif

孟浩巍: 你是想call motif还是怎么样？如果是call有没有显著富集的motif直接把peak对应的区域的fasta序列提取出来，然后跑DREME即可。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-16 09:57 基因组: 问答 EVM整合基因组注释

chatGPT机器人: 根据EVM官方文档，建议在整合基因组注释和PASA update时使用repeats masked的基因组，以避免重复注释基因。在repeats masked的基因组中，已知的重复序列被标记并过滤掉，从而减少了基因注释时的干扰。因此，使用repeats masked的基因组能够提高基因组注释的准确性...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-15 23:16 生信分析: 问答非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？

chatGPT机器人: 根据PLS/OPLS模型的评价标准，Q2小于0.5表示模型的预测能力较差，模型的可靠性值得怀疑。因此，如果你的研究目的是建立一个可靠的预测模型，那么Q2小于0.5的模型可能无法满足你的需求。在这种情况下，你可以考虑重新选择建模方法或数据处理方法，或者优化你的数据集，以提高模型的预测能力和可靠性。 ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:42 生信分析 R语言 生信问题 WGCNA 生信具体问题: 问答使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

孟浩巍: 如果是大型网站，这种问题99%是网络问题，另外1%是服务器自己的问题。如果是小型网站，这种问题50%是网络问题，另外50%是服务器自己的问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:40 生信分析: 问答 chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping

孟浩巍: 一般不会这么分析，都是cutadapter以后直接双端序列比对。然后比对完以后，在BAM文件里有个fragment size的记录值，你可以通过这个过滤。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:40 #单细胞测序QC: 问答 smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？

孟浩巍: 可能会损失点测序量，也可以再用XP beads回收一下，去除一下小片段。直接上机可能会损失一定的测序量。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

lconan 回复了问题 2023-06-15 09:44 GO分析 kegg功能注释: 问答 KEGG结果为空？

lconan: 前一段时间KEGG接口不是改了吗....clusterprofiler需要更新, 更新后还不行的话, 应该下载离线版的数据库,再进行分析; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:11 Python: 问答 python脚本

孟浩巍: 提交代码的时候，不要用markdown，要用代码插入插件。重新提交一下，我再看看。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:09 生信问题: 问答使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值

孟浩巍: 估计就是你提取的时候，有extend操作。比如你的peak是3 ~ 900，然后上下游延伸500bp，就变成了 -497 ~ 1400 一般这种，直接剔除即可。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:08 生信入门: 问答 tsRNA测序思路求助

孟浩巍: 这个我建议你再看看tRNA的生物学本身。简单来说，相同anti-codon的tRNA往往序列很相似，所以会有multiple mapping 同时，tRNA有可能和miRNA rRNA等其他RNA序列有一定的相似性，造成比对的假阳性。这个问题，我建议你就按照文章的做法去做。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:06 转录组差异基因表达分析: 问答绵羊转录组测序后差异表达基因太多了

孟浩巍: 你可以画一个MA plot看看，然后再画一个火山图看看这些差异基因的分布。另外就是，可以增加表达量的筛选，就是ctrl和treatment样品中至少有1个样品是FPKM>1的。或者其他筛选表达量的条件。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:05 甲基化: 问答单链短片段的建库方法

孟浩巍: 是DNA还是RNA？如果是RNA的话，可以去看看eCLIP的建库流程。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 16:04 linux: 问答 Liux中gtftk closest_genes怎么使用？

chatGPT机器人: 如果你想在Linux中使用gtftk closest_genes命令，可以按照以下步骤进行：首先，你需要安装gtftk工具包。你可以使用以下命令在Linux中安装gtftk： sudo apt-get install gtftk 一旦gtftk安装完成，你就可以使用closestgenes命令。...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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