如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤

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如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤

#单细胞测序QC

求教大大，在看单细胞测序的文章中，QC部分会提出一些metrics对低质量细胞进行过滤，但是如何将这些metrics与fastQC给出的报告结合在一起呢？这些metrics参数可以在fastQC中进行设定吗？

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-05 09:19

是这样滴，FastQC只能生成质量报告，不能够设置参数进行处理。你这里面提到的mapping ratio，mapping gene ratio等等都需要自己再后续计算，和FastQC关系不大。我建议你看一下我们之前zhihu专栏里写的关于FastQC的报告解读。另外，单细胞现在有各种完整的工具包去做这些事情，不用担心，现在都已经流程化了。

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发布时间: 2018-09-05 09:13

更新时间: 2018-09-05 09:19

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