关于RSEM和RPKM - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1102: 浏览

关于RSEM和RPKM

生信分析

之前接触到的测序结果，以及文章。都是以rpkm/fpkm的形式显示结果。最近接触到一些使用RSEM来表述的测序结果。求问这两者有哪些具体上的不同，着重在使用场景。以及对于测序结果中，有的基因的RSEM和RPKM的结果趋势完全相反，这种情况是怎么产生的。如果要使用数据的话，优先参考RSEM还是RPKM，以及理由

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-04 14:21

癌症的数据尤其是TCGA的数据现在都是给RSEM，大家目前测序常用的还是FPKM，RPKM，TPM。个人观点是RSEM的缺点在于不直观，优点是通过机器学习的办法处理了一些因素，而不是像FPKM，RPKM，TPM这些，线性处理所有的情况。我个人的观点是，癌症数据大家现在都用RSEM，那么我也建议你用RSEM；但是自己的RNA-Seq数据，我还是建议用FPKM，RPKM，TPM，这个系列的。

赞同 0 0评论

关于作者

: elementoK 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-29 16:24

更新时间: 2018-09-04 14:21

关注人数: 2 人关注

相关问题

什么是nomalized read count，和RPKM是什么关系: 1584 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

关于python的matplotlib绘图时自动调整文字标签位置的模块: 1270 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于hub基因的问题: 822 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

关于DESeq2样本聚类的问题: 1112 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 1852 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于tophat2 + cufflinks 得到的差异基因和featureCounts差异基因数目相差太大原因: 1357 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

关于拟南芥着色粒附近的变异数量: 1261 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题: 1279 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

新人求教关于测序以及免疫的问题: 1046 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 1575 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 1402 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问 ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 1575 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图: 2176 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1173 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq绘制TSS富集图: 2239 浏览 2 关注 2 回答 2 评论

问 Bowtie2使用中遇到的内存不足问题: 1455 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 Picard Markduplicate: 1868 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生存分析KM-plot问题: 1449 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 1414 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 23年生信NCCL室间质评: 1499 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025