关于RSEM和RPKM - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2621: 浏览

关于RSEM和RPKM

生信分析

之前接触到的测序结果，以及文章。都是以rpkm/fpkm的形式显示结果。最近接触到一些使用RSEM来表述的测序结果。求问这两者有哪些具体上的不同，着重在使用场景。以及对于测序结果中，有的基因的RSEM和RPKM的结果趋势完全相反，这种情况是怎么产生的。如果要使用数据的话，优先参考RSEM还是RPKM，以及理由

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-04 14:21

癌症的数据尤其是TCGA的数据现在都是给RSEM，大家目前测序常用的还是FPKM，RPKM，TPM。个人观点是RSEM的缺点在于不直观，优点是通过机器学习的办法处理了一些因素，而不是像FPKM，RPKM，TPM这些，线性处理所有的情况。我个人的观点是，癌症数据大家现在都用RSEM，那么我也建议你用RSEM；但是自己的RNA-Seq数据，我还是建议用FPKM，RPKM，TPM，这个系列的。

赞同 0 0评论

关于作者

: elementoK 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-29 16:24

更新时间: 2018-09-04 14:21

关注人数: 2 人关注

相关问题

关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？: 2234 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于cufflinks中cuffdiff的使用问题。: 2483 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于gene id转换以及“org.Hs.eg.db"包（小剧场？）: 4405 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

关于蛋白质文件的疑问: 2889 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？: 3660 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

关于基因对某种疾病的影响的问题: 1994 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 3191 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

关于hub基因的问题: 1551 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题: 2977 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 3816 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 2669 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq样本重复数: 2859 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 3225 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 DiffBind 标准化数据: 2705 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GWAS和WGS的选择消除分析有什么区别呀？: 2743 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问植物TWAS流程: 3641 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生存分析KM-plot问题: 3265 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 ATAC-seq绘制TSS富集图: 4976 浏览 2 关注 2 回答 2 评论

问 ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 3191 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？: 2546 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026