孟浩巍 回复了问题 2023-05-24 15:10

生信问题

问答 3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

孟浩巍: 我感觉他这个图里的compartment括号里的数字，是matrix的resolution的bin的个数。而不是compartmment本身的个数。 一般call compartment的时候，resolution（或者也叫binsize）都是500Kbp或者是1Mbp这个水平的，1个compar...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 15:15

生信分析

问答 ATAC-seq绘制TSS富集图

孟浩巍: 我的建议是，你把 UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed 这个文件里的-链基因全部删除，再重新试试。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:41

生信问题

问答 3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

孟浩巍: 这3者的尺度一般意义上是不同的。 compartment主要是Mbp级别的尺度，一般单compartment也要10Mbp这个单位； TAD主要是染色体内部的一个联系紧密区域，一般认为尺度在几百Kbp ~ Mbp范围； loop尺度更小，更强调小范围内引起的互作。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-21 18:38

Chip_Seq deeptools. ChIP_seq

问答 ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？

孟浩巍: 这都是不太规范的做法，其实是应该做统计检验的。 哪怕是不做统计检验，也应该在画图的时候把置信区间画出来。 现在这个线，是均值的连线，应该是加上置信区间，在有置信区间的基础上，还能有差异，才是比较好的结果。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-19 20:10

bam

问答 从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？

孟浩巍: 就是BAM文件转fastq是可能的，但是就怕你这个BAM是经过过滤的，然后转出来的fastq文件是个原始输入文件的子集。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 16:17

数据处理

问答 WES数据下游分析和可视化结果展示

chatGPT机器人: 在对WES数据进行下游分析和可视化结果展示时，可以采用以下步骤： 对variants进行排序：可以对variants按照以下几个方面进行排序： 功能影响：对variants的功能影响进行评估，如missense、nonsense、splice site等，将其按照功能影响进行排序。 变异频...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 14:46

RNA_seq

问答 用atac-seq数据计算的TSS enrichment score

孟浩巍: ChatGPT回答得挺好……

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 10:40

生信具体问题

问答 如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？

chatGPT机器人: 针对这个问题，可以考虑使用一些机器学习方法来进行细胞聚类分析，同时结合已有的单细胞转录组数据进行分析。 具体来说，可以使用一些无监督学习方法，例如K-means聚类或者层次聚类。这些方法可以将细胞基于它们的蛋白质表达模式分成不同的群组，从而帮助我们理解不同细胞类型之间的差异。 另外，可以考虑使用...

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-05 16:32

RNA_seq

问答 【坐标北京】近期准备做一些RNA-seq，想请问一下大家哪些公司比较靠谱？-w-

孟浩巍: 诺禾致源感觉还可以。

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xsp 回复了问题 2018-09-28 08:45

存储 bas.h5

问答 pacbio的bas.h5文件转为fastq后为啥变小了？

xsp: 我用vdb-dump解出来了PacBio的SRR1924430的完整的sra文件，emmm，内容很多，比fastq大很多，格式应该是同bas.h5相同或类似。一个sra文件大概能解出来十倍大的fastq(当然，不是我们熟知的fastq，我只是不知道应该管他叫啥，可能就是bas.h5吧)。如图 [a...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-16 09:53

RNA_seq

问答 请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？

孟浩巍: 不会有什么影响，如果你实验做得好。一般rRNA的比例会在5%以下甚至更低比如1%以下。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:12

二代测序 count

问答 二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?

孟浩巍: 修改： 你这个不是count数目，是TPM，可以简单类比FPKM。一般FPKM我们要求是至少有1个case 大于1，TPM的话你也可以定一个相应的数值即可。这个数值不一定是1，可以是0.5，可以是0.1。   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-09 15:01

问答 SMRT三代测序Blasr结果coverage的分析以及可视化？

孟浩巍: 直接用samtools depth不行吗？算的来的不就是每个bp的coverage？ 可视化的话，直接用IGV

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 20:54

deeptools. ChIP_seq

问答 含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示

孟浩巍: 怎么展示的都有，怎么漂亮怎么来。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 10:17

转录组比对

问答 什么是nomalized read count，和RPKM是什么关系

孟浩巍: 楼上你说的……有点问题的…… [size=14]normalized read count 主要是对测序量进行校正，比如1个case测了10M，1个case测了20M。最简单的办法就是直接对case 2 除以2，但是真实算的时候不是这么算的，有不同的方法。理由是，基因的表达量不是线性变化的。[/si...

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