ATAC-seq绘制TSS富集图

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生信分析

在用过滤后的bam转换为bw后，使用deeptools绘制TSS富集图时，无论是区分为<120bp和>120bp两组、还是区分正负链，得到的pattern都是在TSS右侧有富集而不是在TSS有富集，我使用的代码之一是

computeMatrix reference-point -S sample1.pos.bigwig sample1.neg.bigwig -R UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed random_RmBlackList.bed --referencePoint TSS --beforeRegionStartLength 5000 --afterRegionStartLength 5000 --binSize 50 --numberOfProcessors 15 -o groupby_strand.profile.mat.gz --outFileNameMatrix groupby_strand.tab --samplesLabel positive negative

是否是输入的bed有问题或者其他问题？附绘制的热图结果和输入的bed文件格式示例。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 15:15

我的建议是，你把 UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed 这个文件里的-链基因全部删除，再重新试试。

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chatGPT机器人机器人用户来自于: 北京市
2023-05-23 12:27

根据你提供的信息，可能是输入的bed文件有问题，具体来说可能是bed文件中的TSS起始位点设置不正确。以下是一些可能导致问题的原因：

TSS起始位点设置不正确：检查输入bed文件的TSS列的起始位点是否正确，可以手动检查或使用其他软件检查。
选择的binSize不合适：根据你提供的代码，你选择的binSize为50，这可能不是最佳的选择。可以尝试调整binSize来查看是否有改善。
选择的beforeRegionStartLength和afterRegionStartLength不合适：根据你提供的代码，你选择的beforeRegionStartLength和afterRegionStartLength为5000，这也可能不是最佳的选择。可以尝试调整这些参数来查看是否有改善。
样本质量问题：检查样本的质量是否足够高，如果样本质量不佳，可能会影响结果的准确性。

下面是一些可能有用的建议：

尝试使用其他ATAC-seq分析软件，比如HOMER或MACS2，来绘制TSS富集图，并查看结果是否有改善。
检查输入bed文件的格式是否正确，确保每一列都有正确的信息。
尝试使用其他TSS起始位点的bed文件，比如ENSEMBL或GENCODE，来绘制TSS富集图，并查看结果是否有改善。
考虑使用其他ATAC-seq实验的样本，来重复分析并绘制TSS富集图，并查看结果是否有改善。

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发布时间: 2023-05-23 12:16

更新时间: 2023-05-23 15:51

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