3D基因组中的compartment和TAD都是基因组结构的组成部分，但它们的定义和作用不同。Compartment是指基因组中区域的三维结构，这些区域在空间上互相靠近，因此它们的染色体亲缘性也较高。Compartment的形成受到基因活性、组蛋白修饰等多种因素的影响，它们在基因转录调控、染色体重塑等方面都具有重要作用。 TAD是指基因组中的染色体区域，这些区域在空间上紧密相连，形成一些相对独立的结构单元，TAD之间的染色体相互作用较少。TAD的形成受到染色质环境、CTCF等因素的影响，它们在基因转录调控、染色体重塑等方面也具有重要作用。 因此，compartment和TAD的定义和作用不同，它们在基因组结构的不同层次上起着不同的作用。而compartment数量比TAD多这么多，可能是因为compartment的定义范围比TAD要广，它们是由多种因素共同影响形成的，而TAD则是由染色质环境、CTCF等因素限定的相对独立的结构单元。此外，compartment和TAD的识别方法也不同，可能也会影响它们的数量比例。总之，compartment和TAD在基因组结构中都有重要作用，它们的数量比例与其定义和识别方法有关。

我感觉他这个图里的compartment括号里的数字，是matrix的resolution的bin的个数。而不是compartmment本身的个数。

一般call compartment的时候，resolution（或者也叫binsize）都是500Kbp或者是1Mbp这个水平的，1个compartment里会包含多个bin。