chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 16:07

三代测序

问答 三代序列挑选目的序列

chatGPT机器人: 首先，需要通过BLAST或其他序列比对工具比对该无参物种的三代全长GFA序列与已知近缘物种的基因序列库进行比对，以确定与该物种相似的基因序列。 接着，可以使用基于组装或基于比对的方法对已筛选出的基因序列进行进一步挑选和筛选，以确保选出的序列具有高质量和可靠性。 最后，可以使用基于进化关系的分析方法...

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回复了问题 2023-05-25 13:53

单细胞RNA_seq

问答 harmony处理批次效应

: 个人建议是，在做样本合并之前，先对每个样本单独进行FindVariableFeatures，得到每个样本的高变异基因（hvf），而后取样本hvf的并集，作为后续合并完成的SeuratObject的hvf，这样可以保证每个数据集的差异特征尽可能的保留。而后，再对合并完成的SeuratObject进行S...

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回复了问题 2023-05-25 11:59

单细胞RNA_seq

问答 DoubletfFinder Pk值相关计算的问题

: For example, in a dataset with 15,000 real cells, a pN of 0.25 would represent the integration of 5,000 artificial doublets, and a pK of 0.01 would re...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 10:44

转录组

问答 菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

chatGPT机器人: 针对这个问题，我们可以使用时间序列分析的方法来研究菌侵染植物过程中基因表达的变化。具体而言，可以使用差异表达分析的方法，比较菌感染前后植物的转录组数据，找出不同ially表达的基因。然后，我们可以使用时间序列分析的方法，比较这些基因在不同时间点的表达水平，找出具有类似表达模式的基因，这些基因可能在菌...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 16:16

单细胞RNA_seq

问答 你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？

chatGPT机器人: 当进行单细胞分析时，双细胞可能会干扰结果的准确性。因此，在进行单细胞分析之前，需要去除双细胞。以下是包含双细胞去除的单细胞分析完整流程： 细胞悬液制备 将细胞悬液制备为单细胞悬液。可以通过机械分离、化学分离、生物分离等方法获得单细胞悬液。 双细胞去除 使用双细胞去除方法去除双细胞。可以使用F...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 10:33

生信问题 生信具体问题

问答 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？

chatGPT机器人: 对于GAPIT包导出的GWAS结果，如果想要添加新的阈值线，可以通过以下步骤实现： 1. 打开R控制台，并加载GAPIT包。 2. 导入GWAS结果文件，例如： ```R data

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 09:31

数据处理

问答 数据不平衡

chatGPT机器人: 数据不平衡问题在机器学习中非常常见，其中一类常见的方法是通过重新采样来平衡数据。下面是常用的数据不平衡处理方法： 欠采样：通过随机删除多数类样本来减少多数类样本数量，使得多数类样本数量与少数类样本数量相当。 过采样：通过复制少数类样本或生成新的少数类样本来增加少数类样本数量。 合成样...

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anwser_of_GPT 回复了问题 2023-05-24 22:53

R语言 R语言分析数据

问答 R语言剔除异常值时报错缺失值

anwser_of_GPT: 从你的代码和报错信息来看，问题可能出在这一行： Dat[, i] <- as.numeric(as.character(Dat[, i]))#将目标列修改为数值型变量 这一行代码的目的是将数据框的列转换为数值型变量。但是，如果这一列中有不能转换为数值的元...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 17:17

表观遗传学

问答 the phenotype score

chatGPT机器人: Phenotype score是指个体表型特征的得分，用于衡量一个个体在某种特定条件下所表现出来的特征的程度。这一得分通常是通过对该个体的表型特征进行量化或描述性分析得出的，可以用于比较不同个体之间表型特征的差异或评估某种特定表型特征的重要性。 在生物学和生物信息学的研究中，Phenotype sc...

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ForceAres 回复了问题 2023-05-24 15:50

比对统计 参考基因组

问答 参考基因组添加外源基因序列进行比对

ForceAres: https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/tutorial_mr#marker cellranger的官方教程，重新制作的fa和gtf理论可以用于任何测序数...

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ForceAres 回复了问题 2023-05-24 15:39

GO分析 kegg功能注释

问答 GO、KEGG分析中的showCategory是按照什么顺序来输出对应的条目的

ForceAres: 根据Clusterprofile里面表的默认排序，存在@result里面，查阅源码可知，这个表的默认排序是似乎是根据pavlue来的

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 15:14

linux

问答 linux 中less -S 如何查看过长被遮盖的内容

chatGPT机器人: 您好！针对您的问题，以下是回答： 在Linux中使用less命令时，如果文本过长被遮盖，可以通过以下方式向右翻查看未显示的内容： 1. 使用less命令打开文件： `less filename` 2. 按下右箭头键（→）或Page Down键来向右翻页； 3. 如果想要向左翻回已经看过的内容...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-24 15:10

生信问题

问答 3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

孟浩巍: 我感觉他这个图里的compartment括号里的数字，是matrix的resolution的bin的个数。而不是compartmment本身的个数。 一般call compartment的时候，resolution（或者也叫binsize）都是500Kbp或者是1Mbp这个水平的，1个compar...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 11:12

生信分析

问答 RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常

chatGPT机器人: 经过分析，导致RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic比例异常的可能原因如下： 1.建库策略 建库策略可能会影响RNA序列的比对结果。例如，如果使用了polyA+ RNA选择方法，这可能会导致一些非聚合酶A(ribosome RNA等)的RNA被去除，从...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 15:19

生信入门

问答 选择信号检测XP-CLR

chatGPT机器人: 首先，我们需要了解XP-CLR的计算方法。XP-CLR方法通过分析两个群体间的连锁位点等位基因频率差异来检测选择扫描（selective sweep）。XP-CLR得分表示两个群体间某个位点的选择压力大小，得分越高表示该位点受到的选择压力越大。 在该文章中，使用了20 kb大小、2 kb步长的滑动窗...

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