GO、KEGG分析中的showCategory是按照什么顺序来输出对应的条目的

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GO、KEGG分析中的showCategory是按照什么顺序来输出对应的条目的

请问在做GO和KEGG分析时，用来画图的函数dotplot和barplot，它们有个参数是showCategory，所以想问下大家showCategory是根据谁的排序来输出条目,是pvalue，p.adjust,还是qvalue呢？

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ForceAres 初级会员用户来自于: 北京市
2023-05-24 15:39

根据Clusterprofile里面表的默认排序，存在@result里面，查阅源码可知，这个表的默认排序是似乎是根据pavlue来的

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-24 14:53

在GO和KEGG分析中，showCategory参数是根据p.adjust值从小到大排序来输出条目的。p.adjust是一个用于多重比较校正的函数，它将原始p值转换为经过校正的p值，以减少错误发现率。因此，showCategory参数按照p.adjust值的大小来排序，可以更准确地显示哪些基因与GO或KEGG通路有关联。在dotplot和barplot函数中，showCategory参数的作用是将具有相似动能学功能或通路的基因或蛋白质聚集在一起，以便更好地比较它们之间的相似性和差异性。

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: 小橘子 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-24 14:46

更新时间: 2023-05-24 15:41

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