直接把你的序列cat进去再索引一次就好了，具体你可以参考这个文献：

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/tutorial_mr#marker

cellranger的官方教程，重新制作的fa和gtf理论可以用于任何测序数据

这个一般是把额外的序列当一条单独的染色体，就是在你的reference genome的FASTA文件里多加几条序列。

然后重新建index，建完index以后再重新比对。

首先，我们需要理解参考基因组的作用和添加外源基因的意义。参考基因组是进行测序数据比对和分析的基础，而添加外源基因序列可以帮助区分不同来源的细胞类型，从而提高测序数据的可靠性和准确性。 在进行单细胞测序后，我们可以将得到的原始数据进行质控、去除低质量数据和去除污染序列等步骤，然后使用比对软件将清洗后的数据与参考基因组进行比对。如果参考基因组中已经包含了外源基因的序列，那么我们可以直接将这些序列添加到参考基因组中，并使用包含外源基因序列的新参考基因组进行比对。 实际操作上，我们可以使用软件工具如Bowtie2或BWA-MEM等将外源基因序列添加到参考基因组中。这些工具可以将外源基因序列添加到参考基因组的fasta文件中，生成包含外源基因序列的新参考基因组。

然后，我们可以使用这个新参考基因组进行比对和分析。 需要注意的是，在添加外源基因序列时，我们需要确保这些序列的来源和准确性。此外，添加外源基因序列可能会增加比对的复杂性和计算量，影响分析的效率和准确性。因此，在实际操作中需要谨慎考虑是否需要添加外源基因序列，并进行充分的测试和验证。

这个一般是把额外的序列当一条单独的染色体，就是在你的reference genome的FASTA文件里多加几条序列。

然后重新建index，建完index以后再重新比对。