该问题已被锁定!
2
关注
1889
浏览

RNA-seq比对region:exonic/intronic/intergenic 比例异常

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-05-24 12:45

主要是看你的建库策略,一般polyA + 的建库策略exonic比例会高;

ribo - 的建库策略,intronic比例会高。

这都没太大关系,只要你分析的时候,你的目标基因coverage是足够的即可。

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: 北京市
2023-05-24 11:12

经过分析,导致RNA-seq比对region:exonic/intronic/intergenic比例异常的可能原因如下:

1.建库策略 建库策略可能会影响RNA序列的比对结果。例如,如果使用了polyA+ RNA选择方法,这可能会导致一些非聚合酶A(ribosome RNA等)的RNA被去除,从而导致intronic区域的比例升高,exonic区域的比例降低。另外,如果使用了ribo-depletion方法,这可能会导致一些RNA被去除,从而影响比对结果。

2.比对策略 比对策略可能会影响RNA序列的比对结果。例如,使用不同的比对软件可能会导致不同的比对结果。在这种情况下,使用不同的比对软件进行比对,并比较结果,可以确定比对软件是否是导致比例异常的原因。 总的来说,RNA-seq比对region:exonic/intronic/intergenic比例异常可能是由建库策略或比对策略引起的。建议使用不同的建库策略和比对软件进行比对,并比较结果,以确定导致比例异常的原因。

问题动态

发布时间
2023-05-24 11:09
更新时间
2023-05-24 12:46
关注人数
2 人关注

相关问题

RNA-seq logFC与pvalue
三代测序使用进行gmap比对
rna-seq数据校正
人源细胞系ATAC-seq比对率较低,显示支原体污染,如何处理?
RNA-seq,样本中存在同一基因对应不同的FPKM值
reads比对的统计
RNA-seq差异分析
想问一个RNA-Seq的流程问题
RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因
RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集?

推荐内容

使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图
23年生信NCCL室间质评
使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据
生存分析KM-plot问题
computeMatrix画图问题
ATAC-seq样本重复数
来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗?
chipseq分析,利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图
尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰
在riboseq分析中,如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析?
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025