harmony处理批次效应 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1887: 浏览

harmony处理批次效应

单细胞RNA_seq

假如现在有sampleA，sampleB两个样本，在合并之前，是否需要单独对sampleA 和sampleB做FindVariableFeatures，ScaleData，RunPCA呢？还是直接合并sampleA 和sampleB的seurat对象，合并之后统一去做？然后再进行harmony

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

前台管理员用户来自于: 北京市
2023-05-25 13:53

个人建议是，在做样本合并之前，先对每个样本单独进行FindVariableFeatures，得到每个样本的高变异基因（hvf），而后取样本hvf的并集，作为后续合并完成的SeuratObject的hvf，这样可以保证每个数据集的差异特征尽可能的保留。而后，再对合并完成的SeuratObject进行ScaleData和RunPCA的操作，然后再RunHarmony进行批次效应矫正。

赞同 1 0评论

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-23 15:51

根据Seurat官方文档的建议，最好在合并样本之前对每个样本单独进行FindVariableFeatures，ScaleData和RunPCA的操作，以确保每个样本的数据质量得到了充分的控制和调整。这样可以最大限度地减少批次效应的影响，并且可以更好地保留各个样本之间的生物学变异。然后再将各个样本的Seurat对象合并，并对合并后的数据进行Harmony操作。因此，建议在处理批次效应问题时，应该首先对每个样本进行单独的预处理，然后再进行数据合并和批次效应的处理。

赞同 0 4评论

问题动态

发布时间: 2023-05-23 15:44

更新时间: 2023-05-25 13:53

关注人数: 2 人关注

相关问题

如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 1993 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 1169 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

运行harmony后counts数变成小数: 1141 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

求助一个shell脚本问题，如何批量处理下面这种情况？: 1133 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1012 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

二代转录组去除批次效应: 2108 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

缺失值处理: 1423 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理: 1479 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

芯片数据去除批次效应一般用什么软件如何操作？: 1121 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

Chip-seq bam文件的处理: 2095 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 GEO数据读入: 945 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点: 1359 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 harmony整合样本前需要分别预处理吗？: 1592 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问单细胞多样本熵分析样例代码: 1311 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？: 1681 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问单细胞seurat对象的基因过滤: 3736 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？: 3092 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞: 2698 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？: 1424 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025