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ciriRNA表达量如何计算?(更)

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: 北京市
2023-07-02 23:09

要计算ciriRNA的表达量,可以使用SRBPM(Spliced Reads per Billion Mapped Reads)或TPM(Transcripts per Million)进行归一化。以下是从CIRI2和find_circRNA的输出结果中计算总的mapped reads数的步骤:

1. CIRI2输出结果: CIRI2是一个流行的circRNA识别工具。其输出结果通常包含一个circRNA列表和每个circRNA的reads数。要计算总的mapped reads数,可以按照以下步骤进行操作:

a. 打开CIRI2的输出结果文件,找到每个circRNA的reads数列(通常是reads列)。将所有circRNA的reads数相加,得到总的reads数。

b. 从你的测序数据中获取总的mapped reads数。这可以通过使用一些常见的测序数据分析工具(例如Bowtie、STAR、HISAT等)将原始测序数据比对到参考基因组或转录组,然后从比对结果中提取mapped reads数。

c. 将CIRI2输出结果中的总的reads数除以总的mapped reads数。然后乘以1,000,000,000(SRBPM)或1,000,000(TPM),即可得到ciriRNA的SRBPM或TPM值。

2. find_circRNA输出结果: find_circRNA是另一个常用的circRNA识别工具。其输出结果通常包含一个circRNA列表和每个circRNA的reads数。要计算总的mapped reads数,可以按照以下步骤进行操作:

a. 打开find_circRNA的输出结果文件,找到每个circRNA的reads数列(通常是reads列)。将所有circRNA的reads数相加,得到总的reads数。

b. 从你的测序数据中获取总的mapped reads数,方法同上。

c. 将find_circRNA输出结果中的总的reads数除以总的mapped reads数。然后乘以1,000,000,000(SRBPM)或1,000,000(TPM),即可得到ciriRNA的SRBPM或TPM值。

以上步骤可以帮助你从CIRI2和find_circRNA的输出结果中计算总的mapped reads数,并进一步计算ciriRNA的表达量。

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发布时间
2023-07-02 23:04
更新时间
2023-07-03 19:02
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