用三个软件(CIRIquant、find_circ、CIRI2)鉴定到的circRNA,看了很多文章都是用bsj(反向剪切位点)的reads数算RPM值来归一化表达量,具体该如何计算呢?
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ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化,下面介绍一般的计算步骤:
RPM = bsj reads数 / mapped reads数 * 1,000,000
F = ∑(RPM值 / L) TPM = RPM值 / F * 1,000,000
综上所述,ciriRNA表达量的计算方法包括bsj reads数的计算、RPM值的计算和TPM值的计算。通过这些计算,可以得到每个circRNA的表达量,并进行比较分析。