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在进行TCGA的TPM数据或者GEO芯片数据的聚类分析时，通常需要对数据进行标准化处理。标准化可以帮助消除不同基因表达量之间的差异以及不同样本之间的差异，从而减少这些差异对聚类结果的影响。
对于标准化处理，一般是对每个基因在不同样本中的数据进行标准化。这是因为不同样本之间可能存在不同的表达量范围和分布，而对每个基因在不同样本中的数据进行标准化可以使得它们具有可比性。常见的标准化方法包括Z-score标准化和log转换等。
另外，也可以选择对每个样本的所有基因表达量进行标准化。这样做的目的是消除不同样本之间的整体表达量差异，以便更好地比较样本之间的基因表达模式。常见的样本标准化方法包括总计数标准化和TPM（每百万读数）标准化等。
需要根据具体的研究目的和数据特点来选择适合的标准化方法。一般来说，对每个基因在不同样本中的数据进行标准化是常用的方法，因为它可以更好地考虑到基因之间的差异和样本之间的差异。
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