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关于RSEM和RPKM

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之前接触到的测序结果，以及文章。都是以rpkm/fpkm的形式显示结果。最近接触到一些使用RSEM来表述的测序结果。求问这两者有哪些具体上的不同，着重在使用场景。以及对于测序结果中，有的基因的RSEM和RPKM的结果趋势完全相反，这种情况是怎么产生的。如果要使用数据的话，优先参考RSEM还是RPKM，以及理由

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-04 14:21

癌症的数据尤其是TCGA的数据现在都是给RSEM，大家目前测序常用的还是FPKM，RPKM，TPM。个人观点是RSEM的缺点在于不直观，优点是通过机器学习的办法处理了一些因素，而不是像FPKM，RPKM，TPM这些，线性处理所有的情况。我个人的观点是，癌症数据大家现在都用RSEM，那么我也建议你用RSEM；但是自己的RNA-Seq数据，我还是建议用FPKM，RPKM，TPM，这个系列的。

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发布时间: 2018-08-29 16:24

更新时间: 2018-09-04 14:21

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