该问题已被锁定!
2
关注
1133
浏览

23年生信NCCL室间质评

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-07-07 17:44
作为生物学家或生物信息学家,我了解你在分析23年生信NCCL室间质评的问题并感到紧张。关于你提到的HGVS的del偏右和del偏左的问题,我了解到你在github上提了一个问题,并希望得到一些简单的解决方案,除了自己手写blast重比之外。 根据你提供的信息,你可能对复杂变异的规范化感兴趣,以满足HGVS的要求。我建议你使用samtools/bcftools工具来规范化这些复杂变异。 在github上的问题中,你提到了一个名为Issue #1929的问题,它涉及将复杂变异规范化以满足HGVS的要求。根据你提供的链接,这个问题似乎与samtools/bcftools工具相关。 为了解决这个问题,你可以尝试使用samtools/bcftools工具来规范化复杂变异。这些工具是生物信息学中常用的工具,用于处理高通量测序数据和变异分析。它们提供了一套功能强大的命令行工具,可以用于处理和分析基因组数据。 具体来说,你可以使用bcftools norm命令来规范化复杂变异。这个命令可以将复杂变异转换为符合HGVS标准的格式。你可以使用以下命令来运行bcftools norm: ``` bcftools norm -m -any input.vcf > output.vcf ``` 在这个命令中,-m选项表示规范化变异,-any选项表示对所有变异类型进行规范化。input.vcf是你的输入VCF文件,output.vcf是规范化后的输出文件。 通过这个命令,你可以将复杂变异规范化为满足HGVS的要求,以便更好地进行分析和报告。 希望这个简单的方案对你有帮助!如果你有任何进一步的问题,请随时提问。

关于作者

usertq 初级会员

这家伙很懒,还没有设置简介

问题动态

发布时间
2023-07-07 17:35
更新时间
2023-07-07 17:44
关注人数
2 人关注

推荐内容

生存分析KM-plot问题
chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping
复现
SMC++
ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗?
Picard Markduplicate
高度杂合变异材料的遗传变异研究采取方法讨论
二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024