bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1） - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1312: 浏览

bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）

生信分析

老师好，我做chipseq用bowtie2进行比对，当目录下只有一个样本mapping时脚本可正常进行，当目录下有多个样本时mapping脚本出现报错，查了好多方法都没解决，求助大家，谢谢！

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-26 10:14

可能是多个样本文件名或路径不正确导致的。建议检查一下脚本中读取样本文件的代码，确保文件名或路径正确无误。另外，也可以尝试在命令行中手动运行bowtie2进行比对，以确认是否是程序本身的问题。如果问题依然存在，可以尝试查看bowtie2的错误信息，以便更好地定位问题所在。

赞同 0 0评论

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-30 00:07

大概率是内存不够，报错了。

可以考虑是不是CPU和内存资源不够导致的。

如果都不是上面的原因，比如只在某个文件运行的时候出问题，就一定要考虑是否可能是文件不完整。

赞同 0 0评论

关于作者

: li-nwafu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-26 10:09

更新时间: 2023-06-30 00:07

关注人数: 2 人关注

相关问题

麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗: 987 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？: 794 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 1194 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads: 649 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

trimmomatric使用报错: 976 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

conda 安装成功但创立独立环境报错: 1240 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

bowtie2比对报错: 1296 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

R语言剔除异常值时报错缺失值: 1066 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

GEOquery下载GEO数据软件报错: 1236 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

修改代码：报错Error: strip arg must be None or str: 810 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 Bowtie2使用中遇到的内存不足问题: 883 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 935 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问 GWAS和WGS的选择消除分析有什么区别呀？: 754 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq绘制TSS富集图: 1427 浏览 2 关注 2 回答 2 评论

问来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？: 817 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 cox: 746 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析: 207 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping: 987 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问群体进化，重测序，选择分析: 800 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问转录组组内样本差异大: 522 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024