bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1） - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3036: 浏览

bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）

生信分析

老师好，我做chipseq用bowtie2进行比对，当目录下只有一个样本mapping时脚本可正常进行，当目录下有多个样本时mapping脚本出现报错，查了好多方法都没解决，求助大家，谢谢！

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-26 10:14

可能是多个样本文件名或路径不正确导致的。建议检查一下脚本中读取样本文件的代码，确保文件名或路径正确无误。另外，也可以尝试在命令行中手动运行bowtie2进行比对，以确认是否是程序本身的问题。如果问题依然存在，可以尝试查看bowtie2的错误信息，以便更好地定位问题所在。

赞同 0 0评论

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-30 00:07

大概率是内存不够，报错了。

可以考虑是不是CPU和内存资源不够导致的。

如果都不是上面的原因，比如只在某个文件运行的时候出问题，就一定要考虑是否可能是文件不完整。

赞同 0 0评论

关于作者

: li-nwafu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-26 10:09

更新时间: 2023-06-30 00:07

关注人数: 2 人关注

相关问题

R报错: 2020 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？: 2204 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

调用R包后报错：XXX objects are masked……: 1180 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

infercnv运行报错: 2521 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题: 1551 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

三代测序使用进行gmap比对: 1663 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

linux系统中使用fastqc报错: 2628 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 2149 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

GAPIT包FarmCPU和Blink模型进行GWAS分析报错: 2140 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错: 2002 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问高度杂合变异材料的遗传变异研究采取方法讨论: 1458 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？: 1470 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1297 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生存分析KM-plot交叉问题: 2069 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？: 1890 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GWAS和WGS的选择消除分析有什么区别呀？: 1576 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1514 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 cox: 1442 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问宏基因组注释率超低: 1699 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析: 1256 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025