bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1） - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3382: 浏览

bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）

生信分析

老师好，我做chipseq用bowtie2进行比对，当目录下只有一个样本mapping时脚本可正常进行，当目录下有多个样本时mapping脚本出现报错，查了好多方法都没解决，求助大家，谢谢！

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-26 10:14

可能是多个样本文件名或路径不正确导致的。建议检查一下脚本中读取样本文件的代码，确保文件名或路径正确无误。另外，也可以尝试在命令行中手动运行bowtie2进行比对，以确认是否是程序本身的问题。如果问题依然存在，可以尝试查看bowtie2的错误信息，以便更好地定位问题所在。

赞同 0 0评论

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-30 00:07

大概率是内存不够，报错了。

可以考虑是不是CPU和内存资源不够导致的。

如果都不是上面的原因，比如只在某个文件运行的时候出问题，就一定要考虑是否可能是文件不完整。

赞同 0 0评论

关于作者

: li-nwafu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-26 10:09

更新时间: 2023-06-30 00:07

关注人数: 2 人关注

相关问题

Error: bowtie2-align died with signal 13（pipe）: 1650 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

R语言安装"Rhtslib"软件包，出现如下报错怎么办？: 2671 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ChIPseeker 报错: 1438 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Stringtie报错: 1725 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

conda 安装成功但创立独立环境报错: 2295 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

nextpolish二代三代纠错报错N过多: 2257 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Aspera数据下载报错: 2735 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？: 1570 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

samtools view筛选cellranger比对结果: 1824 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下，使用conda install deeptools之后，出现如下报错，如何解决呢？: 2167 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 ATAC-seq绘制TSS富集图: 3259 浏览 2 关注 2 回答 2 评论

问 DiffBind 标准化数据: 1573 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于生存分析的问题: 987 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问纤维二糖功能: 2114 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问植物TWAS流程: 2486 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 3375 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 1954 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？: 2059 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 2321 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？: 1493 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025