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测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？

差异miRNA 几十个，差异mRNA 有3000多个？现在思路：1 . miRNA靶基因预测与实际测序有差异的mRNA取交集，然后找出miRNA-mRNA调控对，但是这个Cytoscape做出来节点有600多个，图根本就看不出来有什么意义。各位大神是否有类似的分析思路给点建议？或者有miRNA-mRNA互作分析的建议呢？蟹蟹~~

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2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 22:55

不知道你是什么物种，因为动物和植物的miRNA还是挺不一样的，这里我以动物的miRNA为例。 1. miRNA几乎都是1对多的调控，甚至出现1个对几百个gene的情况； 2. 一般动物里面常用targetScan的结果当做miRNA的靶标预测结果，里面有打分，打分的高低显示gene可能受miRNA调控的保守程度。一般认为，1个miRNA对1个gene的分数越高，越可能调控这个gene。因此，我建议，你可以选择打分比较高的，比如top10的gene去做下游的挖掘，是不是更有可能？

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海王坑前台管理员用户来自于: 湖北省武汉市
2018-08-24 21:51

这个还是得基于具体的生物学意义去分析互作网络，去看别人文献吧

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发布时间: 2018-08-24 16:16

更新时间: 2018-08-24 22:55

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