首页
问答
文章
专栏
大咖
更多
话题
帮助
请输入关键字进行搜索
查看更多 "
" 的搜索结果
登录
在很多分析表达谱芯片的教程中,使用limma 包寻找差异表达基因,都是先找到差异表达探针,再把探针注释为基因id,为何不先进行注释再计算差异表达呢?这两种方法有什么区别呢?
关注问题
回答问题
该问题已被锁定!
2
关注
1188
浏览
在很多分析表达谱芯片的教程中,使用limma 包寻找差异表达基因,都是先找到差异表达探针,再把探针注释为基因id,为何不先进行注释再计算差异表达呢?这两种方法有什么区别呢?
芯片数据分析
比如limma的使用手册中就是先计算出差异表达的探针,再对探针进行注释的。
阅读全文
收起全文
关注问题
回答问题
邀请回答
好问题
0
评论
收藏
举报
分享
复制链接
新浪微博
腾讯空间
微信扫一扫
展开
收起
0
评论
为什么被折叠?
0 个回复被折叠
1
回答
热门排序
最新排序
热门排序
只看楼主
孟浩巍
超级管理员
用户来自于: 北京市
2018-08-31 22:23
我个人的理解是这样的, 1. 芯片在进行设计的时候,并不是1个gene只设计1种probe,而是1个gene设计多种不同的probe,这些probe有的可以代表不同转录本,有的可以代表相同的转录本。 2. 单色芯片的核心假设是,整体gene表达不变,也是基于这个假设对芯片扫描的光点进行校正的。所以,要先比较探针的差异。 3. 最后注释的时候,一般都会有多个probe对1个gene的情况,这个时候可以参考注释文件,来确定probe的设计原则,比如对于相同gene不同转录本都共有区域的probe,则可以选择进行平均差异;对于不同转录本的probe则可以代表不同转录本的差异表达量。 简单来说,芯片的分析都是基于probe的,从扫描到矫正,再到最后的差异检测,注释反而是一个最后的过程。
阅读全文
收起全文
赞同
3
2
评论
分享
复制链接
新浪微博
腾讯空间
微信扫一扫
2
评论
关于作者
fcdslz
超级管理员
这家伙很懒,还没有设置简介
13
回答
1
文章
12
问题
问题动态
发布时间
2018-08-31 22:08
更新时间
2018-09-09 21:07
关注人数
2 人关注
相关问题
验证数据集基因名称
1055 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
IOBR包输入基因表达矩阵要求
1119 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
关于基因间的相关性分析
1577 浏览
2 关注
2 回答
0 评论
【求助】如何确定时期特定表达基因
1018 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
一个cohort中,某基因count大于多少才有意义?
686 浏览
1 关注
0 回答
1 评论
【求助】如何确定一种基因ID的类型
1999 浏览
4 关注
2 回答
0 评论
请问如何查询某基因的详细的Biological Function?
1064 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
请问一下,我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的,是不是需要进一步拼接成scaffold?还是挑选最大的config进行后续分析?
1093 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选
1632 浏览
2 关注
2 回答
0 评论
H3K27me3这种宽peak怎么找差异?
1161 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
推荐内容
问
安捷伦(Agilent)的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么?最后得到的值是否做了log2处理?是否是RMA或者MASS的一种?
739 浏览
1 关注
0 回答
0 评论
问
如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38
1721 浏览
5 关注
3 回答
0 评论
问
Affy包中的MAplot函数的作用是什么?画出的MAplot图如何解读?为何要进行MAplot检查?
1594 浏览
3 关注
1 回答
0 评论
问
表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询?有没有网站进行过总结?
1036 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
小麦660K芯片里,参考碱基那一列的A/C,哪个才是参考基因组的碱基?
1144 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件,为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别?
1632 浏览
2 关注
2 回答
0 评论
问
当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时,可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因?
1573 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大?
1131 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。
1096 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法?
1625 浏览
2 关注
3 回答
0 评论
All Rights Reserved Powered BY
WeCenter V4.1.0
© 2025
关于我们
社区规范
你的浏览器版本过低,可能导致网站部分内容不能正常使用!
为了能正常使用网站功能,请使用以下浏览器
Chrome
Firefox
Safari
IE 10+