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知道一批基因的具体位置,如何批量的从基因组中取出基因序列?
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知道一批基因的具体位置,如何批量的从基因组中取出基因序列?
从基因组上获取序列
Chr1 28552 28655 ath-MIR838 255 + Chr1 78931 79030 ath-MIR165a 255 - Chr1 234016 234146 ath-MIR2112 255 - Chr1 1653220 1653624 ath-MIR5640 255 - Chr1 1727262 1727415 ath-MIR5656 255 +如上面信息,知道基因的染色体,和在染色体上的开始结束位置,如何取出基因组上对应位置的碱基序列?
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孟浩巍
超级管理员
用户来自于: 北京市
2018-09-19 20:46
方法有很多,我说一个在R里操作的办法吧。 1. 首先先使用Bioconductor安装GenomicRange包以及对应物种的BSgenome包,比如你这里应该是拟南芥。 2. 然后把你的区间,构建成GRange对象 3. 直接使用getSeq提取序列 [code]> library(BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9) > library(GenomicRanges) > input_range = GRanges(seqnames = c("Chr1","Chr1"), + ranges = IRanges(start = c(28552,78931),end = c(28655,79030)), + id = c("ath-MIR838","ath-MIR165a"), + strand = c("+","-")) > input_range GRanges object with 2 ranges and 1 metadata column: seqnames ranges strand | id
|
[1] Chr1 [28552, 28655] + | ath-MIR838 [2] Chr1 [78931, 79030] - | ath-MIR165a ------- seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths > getSeq(BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9,input_range) A DNAStringSet instance of length 2 width seq [1] 104 GTGCAAGAAGGAGAAGCAAAGTCTGTCTATGTATTATGAGATAGCTACTTCTATGGCTAGGATATATGTTGTACAAGACCGGCTTTTCTTCTACTTCTTGCACA [2] 100 GGAATGTTGTCTGGATCGAGGATATTATAGATATATACATGTGTATGTTAATGATTCAAGTGATCATAGAGAGTATCCTCGGACCAGGCTTCATCCCCCC[/code]
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城管大队哈队长
初级会员
用户来自于: 中国
2018-09-19 21:09
制作成bed文件,用bedtools的getfasta即可。 楼主你的文件应该就是bed格式了。改个bed后缀直接用就行。
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restpop
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这家伙很懒,还没有设置简介
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发布时间
2018-09-19 20:27
更新时间
2018-09-19 21:09
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