用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？ - 做专业的生信问答网站

登录

2: 关注

3164: 浏览

用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？

用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-09-05 17:05

在用log2(fold_change)数据绘制热图时，如果遇到想要表达的目的基因的log2(fold_change)值为inf或-inf，可以采取以下几种方式处理： 1. 忽略这些特殊值：可以选择将inf或-inf的值视为缺失值，不纳入热图的绘制。这样可以避免这些极端值对整体热图的可视化效果产生干扰。 2. 替换为较大或较小的常数：将inf替换为一个较大的正值，将-inf替换为一个较小的负值。这样可以保留这些基因在热图中的位置，并且不会对整体热图的颜色分布产生过大的影响。 3. 使用对数标尺：将inf或-inf的值替换为对数标尺中的最大或最小值。通过这种方式，可以保留这些基因的信息，并将其展示在热图中的合适位置。 4. 根据具体情况处理：根据实际需求和数据特点，可以根据基因的重要性或具体研究目的，对inf或-inf的值进行单独处理。例如，可以将其着重标注或以特殊颜色突出显示，以强调其重要性或异常性。以上是几种常见的处理方式，具体使用哪种方式取决于具体情况和研究目的。根据数据的特点和研究需求，选择合适的处理方式可以更好地呈现目的基因的log2(fold_change)值在热图中的分布和关系。

赞同 0 0评论

关于作者

: 这可是聚宝盆啊 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2023-09-05 17:00

更新时间: 2023-09-05 17:05

关注人数: 2 人关注

相关问题

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 6644 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

无参基因组分析GO富集到了这一步不会做: 1422 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

群体内同源基因的所有变异: 2069 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略: 2826 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选: 3440 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？: 2838 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因组组装问题: 2899 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞seurat对象的基因过滤: 6572 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

关于hub基因的问题: 1456 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？: 2204 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问不同比对软件出的结果能进行比较吗？: 2316 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问我测了一批寄生蜂的转录组样品，FPKM值感觉好奇怪，合理吗？: 3421 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问转录组测序问题: 3334 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？: 2313 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选: 3440 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问聚类数据标准化: 3164 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因: 3275 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?: 3562 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系: 2597 浏览 2 关注 2 回答 1 评论

问 R语言中，不使用pheatmap画出的热图，怎么加上颜色变化的图例: 2534 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026