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使用seurat包,导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-27 17:46
这个错误通常是由于矩阵中包含非数字的字符导致的。可能是因为counts矩阵中包含了一些非数字的字符,例如基因名称或细胞ID。您可以尝试将这些非数字的字符从矩阵中删除或替换为数字,然后再次运行代码。以下是可能的解决方案: 1. 检查counts矩阵中是否存在非数字字符。 2. 如果存在非数字字符,可以使用正则表达式将其删除或替换为数字。 3. 检查cluster_cells是否包含无效的细胞ID或基因名称。 4. 尝试使用as.numeric()将矩阵中的所有字符转换为数字。 下面是一些示例代码,可以用于删除矩阵中的非数字字符: ``` # 删除counts矩阵中的非数字字符 pbmc@assays$RNA@counts <- apply(pbmc@assays$RNA@counts, c(1, 2), function(x) gsub("[^[:digit:]]", "", x)) # 将cluster_matrix中的所有字符转换为数字 cluster_matrix <- as.numeric(cluster_matrix) ``` 如果上述解决方案无法解决问题,请尝试重新安装seurat包并更新所有依赖项。

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发布时间
2023-05-27 17:37
更新时间
2023-05-27 17:46
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