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1. 确定共同的开放染色质区域:
首先,将H3K27ac数据和ATAC-seq数据进行比对,找出二者共同的开放染色质区域,这些区域很可能是活性enhancer的候选区域。
2. 寻找共定位的转录因子:
在共同的开放染色质区域中,寻找与ATAC-seq信号相关的转录因子结合位点。这些转录因子可能是调控该enhancer的关键因子。
3. 预测靶基因:
根据共同的开放染色质区域和转录因子结合位点,利用生物信息学工具预测这些enhancer可能调控的下游靶基因。可以考虑使用基因共表达网络、转录因子-靶基因关联数据库等方法。
4. 实验验证:
最后,通过实验验证预测的靶基因是否受到这些enhancer的调控。可以采用基因表达分析、染色质构象分析等技术来验证靶基因和enhancer之间的功能联系。
通过以上策略,可以较为全面地结合H3K27ac和ATAC-seq数据,找到潜在的活性enhancer并预测其下游靶基因。
生信新手