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转录组测序问题

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-28 13:37
一、质控问题: 1. Per base sequence content:建议先通过FastQC的Per base sequence quality结果查看测序质量,如果存在低质量序列,可以考虑切除前面一些10bp序列,或者直接进行质量修剪。但是,如果测序质量较高,可以不用切除。 2. Sequence Duplication Levels:建议根据Duplication levels的图和数值来判断,如果存在高度重复的序列,说明样本可能存在PCR扩增效应,需要进行去重。 3. Overrepresented sequences:如果Overrepresented sequences结果中的序列是引物、适配体或者低复杂度序列等,可以考虑去除;如果是生物体内含量较高的RNA,比如线粒体RNA,也需要考虑去除。 二、比对问题: 如果使用官网提供的比对索引文件,可以进行比对,但是建议在比对之前进行参考基因组索引构建,以确保比对准确性。 三、表达定量问题: 1. 建议进行表达矩阵的质控,可以通过PCA或者heatmap来查看样本之间的差异性。 2. 对于线粒体基因,建议根据实验设计和目的来决定是否去除,比如研究线粒体RNA的表达情况,需要保留;如果研究核基因的表达情况,可以去除。

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发布时间
2023-05-28 13:33
更新时间
2023-05-28 13:37
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