【求助】差异表达和特异表达

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验证数据集基因名称

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知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？

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请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？

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基因和染色体，lncRNA，mRNA之间的关系是怎样的？

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如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs

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如何计算富集分析里的差异倍数

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基因组文件中chrUn具体是什么意思呢

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3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

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有关蛋白表达定量的数据库数据打包下载(蛋白组学)

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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