验证数据集基因名称 - 做专业的生信问答网站

登录

2: 关注

654: 浏览

验证数据集基因名称

老师好！我已经找到了Padj和FC值都比较好的DEG了，现在想在GEO里的基因表达数据集进行验证，但是总是没有这个基因，是我的基因有多个名称吗，应该怎么找到我的基因的所有名称、编码以及ID呢

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-08-24 21:00

基因名称验证

尊敬的老师，

如果您在GEO基因表达数据集中无法找到特定基因，可能是因为基因具有多个名称、编码或ID。为了找到您的基因的所有名称和相关信息，您可以采取以下步骤：

首先，确认您所使用的基因名称是否正确拼写。有时候拼写错误可能导致无法找到基因。
使用基因注释数据库，如Ensembl、NCBI或UniProt，通过您已知的基因名称搜索。这些数据库提供了详细的基因注释信息。
在基因注释数据库中，您可以找到基因的其他名称、编码和ID。这些信息可以帮助您在GEO数据集中进行准确的搜索。
使用找到的其他名称、编码或ID，再次在GEO基因表达数据集中进行搜索。这样，您应该能够找到与您研究的基因相关的数据。

下面是一个简单的示例表格，展示了如何整理基因的多个名称、编码和ID：

基因名称	编码	ID
基因A	ENSG00000111111	12345
基因B	ENSG00000222222	67890
基因C	ENSG00000333333	54321

请根据您的具体基因，使用基因注释数据库查找相关信息，并将其应用于GEO基因表达数据集的验证。

希望这些信息对您有所帮助！如有任何进一步的问题，请随时向我提问。

谢谢！

赞同 0 0评论

关于作者

: Zed999 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

17: 问题

问题动态

发布时间: 2023-08-24 20:54

更新时间: 2023-08-24 21:00

关注人数: 2 人关注

相关问题

安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？: 510 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？: 638 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

SRA、SRP、SRX、RUN等一些列NCBI genebank数据库中的一些缩略词官方解释或者全称，谢谢，虽然做了一段时间生信但是对这些小问题并没有重视，希望大家解答: 807 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？: 711 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

根据已知序列查找其第三代基因组编号: 621 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

植物基因组组装过程中如何去除质体序列: 690 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

数据下载: 759 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢: 895 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？: 1124 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

EVM整合基因组注释: 932 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 bivalent domains 如何计算: 1116 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 CUT&TAG 的GC含量异常: 600 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 linux软件安装: 828 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 MEME motif analysis 软件的安装: 1049 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 1203 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 809 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 SRA 数据批量下载: 1296 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 chromosome名称转换: 787 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢: 1040 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024