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海王坑 回复了问题 2018-09-10 10:58 问题求解: 问答 linux系统中使用fastqc报错

海王坑: [url]https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429参考这个[/url]; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:40 linux下R软件安装，可能一次性解决所有的问题: 问答 ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？

孟浩巍: 1. yum是centos默认的包管理器，apt-get是ubuntu默认的包管理器，有1个就行，不用都安装。都安装就有点像360安全卫士和腾讯管家都安了一样。 2. 既然定位是gcc的问题，可以使用apt-get直接重新安装gcc就好！; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:38 新基因鉴定 转录本: 问答 stringtie和gffcompare处理转录本的问题

孟浩巍: 如果是鉴定新的lncRNA，应该是先compare再merge吧。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:34 生信分析 参考基因组: 问答网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？

孟浩巍: 染色体里有一些简单重复序列，比如端粒，着丝粒，串联重复等等，这些序列的长度可以估算一个大概的值，但是测序的时候拼装不起来，比如N个AT串联。这个时候，我们的染色体在开头，中间，结尾的各个部分都会出现N的情况。我之前写过一段程序，画了一下hg19和hg38两个human genome版本的N的情...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:30 生信分析: 问答请问如何查询某基因的详细的Biological Function？

孟浩巍: 我一般建议从两个网站上考虑，第1个就是GO网站，看看这个gene的GO注释是什么，能说明一定的gene功能。网址： [url]http://geneontology.org/page/go-enrichment-analysis[/url] 第2个是UniPort网站，里面会介绍有文献报道的功...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

minipeach 回复了问题 2018-09-09 23:52 芯片数据分析: 问答使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

minipeach: 不能，需要取log; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

pagu 回复了问题 2018-09-09 23:38 生信问题: 问答 grep 能不能指定匹配第多少列？

pagu: cut -f 也可以指定列，然后管道去grep，效果相同; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

windowft 回复了问题 2018-09-09 22:07 问题求解: 问答 bowtie2使用报错，求助啦

windowft: 谢谢大家，更换了内存条之后，就可以运行了，确实是电脑的内存不足; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

笨阿牛 回复了问题 2018-09-09 21:52 macs2 conda: 问答用conda 安装macs2，提示Solving environment: failed？

笨阿牛: 你好！我觉得你的应该是conda源的问题，因为我刚刚用了一下conda install macs2,已经显示安装成功。你可以试试BBQ100里面的番外2，仔细看一下是否把所有该添加的源都添加了，这个应该是问题所在。; 赞同2 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 22:23 芯片数据分析: 问答在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

孟浩巍: 我个人的理解是这样的， 1. 芯片在进行设计的时候，并不是1个gene只设计1种probe，而是1个gene设计多种不同的probe，这些probe有的可以代表不同转录本，有的可以代表相同的转录本。 2. 单色芯片的核心假设是，整体gene表达不变，也是基于这个假设对芯片扫描的光点进行校正的...; 赞同3 反对 1 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-09 15:01: 问答 SMRT三代测序Blasr结果coverage的分析以及可视化？

孟浩巍: 直接用samtools depth不行吗？算的来的不就是每个bp的coverage？可视化的话，直接用IGV; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

徐寅生 发起了提问 2018-09-09 10:54 生信分析: 问答【求助】怎么能画出子网络图

我用cytoscape MCODE分析之后软件没有把子网络图画出来，但是已经分析了结果。那么，我怎么画出子网络? [attach]170[/attach] 已经解决了问了一个白痴问题。原来是结果是有一颗 show的选项，点了才能显示:; 关注问题 1  0  0 评论

笨阿牛 回复了问题 2018-09-08 22:24 Bioconductor R语言 软件安装: 问答 R语言安装"Rhtslib"软件包，出现如下报错怎么办？

笨阿牛: 首先感谢一下孟神！这个问题 [size=14]这个方案应该是起作用的：linux终端里输入 MAKE="make -j8"。[/size] [size=14]但是我的问题好像是：[/size]lzma.h: No such file or directory error太多，我也不知道该怎么去解...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

shawn 发起了提问 2018-09-08 22:17 奇异值分解: 问答奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？

假设有一个行是基因，列是样品的矩阵,其内容是基因表达量，对这个矩阵进行奇异值分解,那么我们能从它的左奇异向量,右奇异向量和奇异值中得到什么信息？:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 21:01 差异基因软件比较: 问答关于tophat2 + cufflinks 得到的差异基因和featureCounts差异基因数目相差太大原因

孟浩巍: 我建议： cuffdiff结果里面满足下面3个条件的算显著基因： 1. sample1 FPKM 或者 sample2 FPKM至少有1个大于1； 2. log2foldchange 的绝对值大于1； 3. qvalue < 0.05; DESeq2 或者 edgeR的结果中满足下面3个条件算...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

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