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孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-16 09:53
RNA_seq
问答 请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？
孟浩巍: 不会有什么影响，如果你实验做得好。一般rRNA的比例会在5%以下甚至更低比如1%以下。
海王坑海王坑 回复了问题 2018-09-15 22:17
CHIpseeker
问答 CHIPseeker
海王坑: 好吧 问题已解决 ，重新安装包加载，还给包的作者发了邮件后，竟然收到了回复，很强。
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-15 19:31
可变剪切
问答 怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？
孟浩巍: 不同剪切形式，可以用UCSC genome browser去看，比如你说的这个gene    [attach]220[/attach]   里面每一行就是1个转录本，就是不同的isoform。至于isoform的定量，现在都不准。你可以用cuffdiff或者stringtie那一套碰碰运气。
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-15 19:28
WGCNA
问答 [求助]WGCNA
孟浩巍: 我简单理解一下你这个问题，你这个问题的是在问，怎么提取blue颜色对应的所有gene对吧？   如果我的理解没有错，那么最后你分析完以后有一个vector是存储了每个gene对应什么颜色，这个vector的长度应该和你的gene list是相同长度的，直接提取即可。    
YDXYDX 发起了提问 2018-09-14 16:24
肿瘤 cutoff选择
问答 一个cohort中，某基因count大于多少才有意义？
比如说百分之多少的样本count要大于某个值:
pagupagu 回复了问题 2018-09-14 16:07
perl
问答 perl的如何进行读取和循环的
pagu: 看外观这算是个shell+perl的混合，代码不全看不太懂，完整点兴许能分析一下
笨阿牛笨阿牛 回复了问题 2018-09-14 15:56
下载
问答 axel，wget下载数据出错的问题，没头绪
笨阿牛: 这个问题没有答案吗？ Amazing！！！ 有没有试过wget的时候，用断点继续下载的方式：wget -b -c -i [url=http://www.http://?]www.http://?[/url] 然后看一下wget.log，看你的下载是否是100%的。  
Kevin_LyuKevin_Lyu 回复了问题 2018-09-14 11:52
生信分析 生信问题
问答 请问cytoscape是怎么构建网络的？
Kevin_Lyu: cytoscape只是一个画网络图的软件，各个节点之间的关系是需要你自己输入的，获取关系的方法你可以是从数据库，也可以是你自己的实验。
yuhangyuhang 发起了提问 2018-09-14 11:23
R语言 ggplot2
问答 R基础绘图问题-柱状图加误差线及T测验显著性星号，映射问题如何解决？
  [b]我有一组数据大概是这样的，6个样品，每个设置两个不同的处理，数据测量完成之后进行T测验得到以下数据。[/b]   [b]想用ggplot2画出柱状图，同时加上误差线和差异显著性的星号（每个处理的柱子中间）。[/b] [b]类似下面的这种：[/b] [attach]217[/attach]...:
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:23
转录组
问答 对突变组和对照组的某基因表达量做T检验
孟浩巍: 最理想的情况下，比如TCGA的数据，是同时给了癌症组织和癌旁组织的数据，因此可以做队列t test； 你既然没有这样的数据，做个t test就行了。    但是肯定不如同时取样的效果好，估计也会被人diss。
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:15
featurecounts FPKM
问答 FPKM计算问题
孟浩巍: 计算FPKM建议用cufflink（单样本） 或者 cuffnorm（多样本）
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:14
ClueGO Cytoscape miRNA_mRNA互作分析
问答 关于Cytoscape插件ClueGO的问题
孟浩巍: 对于gene节点来说，如果能分配到两个GO term里，就应该是两个对应的GO term的颜色。
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:12
二代测序 count
问答 二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?
孟浩巍: 修改： 你这个不是count数目，是TPM，可以简单类比FPKM。一般FPKM我们要求是至少有1个case 大于1，TPM的话你也可以定一个相应的数值即可。这个数值不一定是1，可以是0.5，可以是0.1。   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -...
城管大队哈队长城管大队哈队长 回复了问题 2018-09-13 16:33
samtools
问答 两个samtools命令之间用管道连接，最后的输出文件被吞了。
城管大队哈队长: 找到原因了。。。。。。。{id}应该改成{i}
jiamin_2018jiamin_2018 发起了提问 2018-09-13 15:28
stringtie与DESeq2
问答 stringtie 与DESeq2
stringtie 与DESeq2 数据分析:
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