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孟浩巍 回复了问题 2018-09-02 10:52 生信入门: 问答【求助】如何确定时期特定表达基因

孟浩巍: 1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca...; 赞同2 反对 0 人感谢 3 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-02 10:33 kegg功能注释: 问答请问大家都是用什么做KEGG功能注释的呢

孟浩巍: 其实道理类似，就是先找到你这个物种geneA 对应的模式生物的geneB, 一般寻找的过程是blast。然后再通过模式生物的geneB进行KEGG或者是GO分析。 blast2GO就是简化了这个过程，但是道理还是这么个道理。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

agct 回复了问题 2018-09-02 10:01 RNA_Seq定量: 问答 featureCounts assigned reads率低，正常吗？

agct: [attach]80[/attach] 命令参数是这样; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

Kevin_Lyu 回复了问题 2018-09-01 16:27 生信入门: 问答安装anaconda时conda命令无法起作用

Kevin_Lyu: 在运行结束后你有再次输入source ~/.bashrc吗？如果没有，输入运行之后在看看conda能不能使用，如果运行了可能是你环境变量没有添加成功，需要添加conda到环境变量中; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 5 回复

minipeach 回复了问题 2018-09-01 14:03 问题求解 heatmap: 问答画heatmap出现错误提示

minipeach: 你数据中有缺失值？; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

雪饼 回复了问题 2018-09-01 08:09 数据库 NT库: 问答创建NT子库以及NT库提取特定物种分类的序列

雪饼: 我已找到解决办法，感谢关注的小伙伴; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 20:01 GTEx: 问答 GTEx项目的数据类型

孟浩巍: GTEx数据我有一点总结笔记，分享给你。 [b]## 基本信息[/b] 1. 网址 ```https://www.gtexportal.org/home/``` [b]## GTEx Data and Analysis FAQs[/b] 1. 数据下载 * 数据下载可以通过```ht...; 赞同6 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 19:47 htseq: 问答 htseq使用出现故障

孟浩巍: 提供一个解决问题的思路： 1. 确定你htseq调用的是哪个python，一般情况下是默认的python，所以直接用which python来确定； 2. 直接在终端运行python，之后import pysam，能成功以后即可。 3. 我猜测很可能是htseq调用的python和你用pip或者...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

笨阿牛 回复了问题 2018-08-31 13:24 生信软件包 R语言软件包安装: 问答 linux系统下，R语言，安装软件包install.packages("units")，出现如下问题该如何解决？

笨阿牛: 谢谢[url=https://www.bioinfo.info/?/people/yym0924]契卡[/url]师兄！谢谢孟神！问题已经解决了！不过这里还有一些小问题：输入命令：[size=14]apt install libudunits2-dev[/size] [size=14...; 赞同0 反对 0 人感谢 3 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 12:58 TCGA: 问答 cox单因素分析问题

孟浩巍: 目前提供的TCGA数据都是RSEM; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 11:41 deeptools. ChIP_seq: 问答 deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？

孟浩巍: bw是bigwig文件，里面包含了genome上每个稳点的覆盖情况，一般是从BAM文件转换到bw文件。如果是做全genome的可视化以及质控，比如衡量是否富集，衡量相关性等等，我建议用全genome的bw去做。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

ccssooll999 发起了提问 2018-08-31 09:16 无参转录组 软件使用: 问答 SOAPdenovo-Trans 组装的 contig 如何获得 gene_trans_map

有没有用过 SOAPdenovo-Trans 组装的，求助如何获得 gene_trans_map ，就是 Trinity 组装产生的那个，感谢大佬☺:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-08-30 20:25 问题求解: 问答如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）

孟浩巍: 可以参考我的代码，使用org里面拟南芥的数据库 [code]############################################# # 第1次运行请安装下列R包 ############################################# source("htt...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

amy 发起了提问 2018-08-30 20:09 GWAS: 问答 GWAS 数据存储网站

各位大佬，乳腺癌的GWAS的测序数据有没有总的上传网站？:; 关注问题 1  0  0 评论

qliu 回复了问题 2018-08-30 17:41 生信问题: 问答 pheatmap画图的数据导入问题

qliu: 你的data里面还混有chr列的数据，将所有你的数据先转变为numeric类型的数据 apply(data[,3:ncol(data)], 2 , as.numeric()); 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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