Eric 回复了问题 2018-08-24 10:33

生信入门

问答 seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？

Eric: 常用的例子都有 [url]https://github.com/lh3/seqtk[/url]

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灵动的小猪 回复了问题 2018-08-24 00:32

生信入门 Gene ID转换

问答 【求助】如何确定一种基因ID的类型

灵动的小猪: 对于NR,NM,XM一类的，根据前面的编号看是什么类型的ID。而你的这个玉米的基因，Zm0000开头的是第四版的ID，GRMZM开头的是第三版的ID，可以在maizegdb网站首页下载他们的对应关系，同时也可以使用ensembl的biomart来进行版本的转换。

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minipeach 回复了问题 2018-08-23 21:58

生信入门 R Bioconductor GEOquery

问答 GEOquery下载GEO数据软件报错

minipeach: 我觉得你可以尝试先设置一下工作目录，看能不能解决。

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 21:56

芯片数据分析

问答 基因表达芯片的分类问题

孟浩巍: 双通道是指扫描两次，1次红光，1次绿光； 双通道只能表示相对强弱，不能够表示绝对强弱，因此不同样本不能比较，绝对数值大小。 单通道就是扫描一次，单色的，可以表示绝对数值，不同样本，不同批次的芯片数据可以进行比较。   常见双通道：甲基化芯片； 常见单通道：SNP芯片，表达量芯片等等。

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米婷婷 回复了问题 2018-08-23 20:59

问题求解

问答 如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题

米婷婷: [size=14]fastx_trimmer是为了去掉测序质量不好的两端序列并且统一所有reads的长度，所以只能按照你最终要求的长度来切而不可能去补平，根据fastqc的结果看首尾两端质量较差的片段有多长再决定 -f 和 -l 参数，比如说我的测序长度是150bp, cutadapt 去除完低于1...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 17:21

问题求解 FASTQC

问答 使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错

孟浩巍: 是这样，因为每个reads真正测出来的adapter的长度是不同的，因此去掉adapter以后剩下的序列长度也就不同了。 FastQC这个软件，当你的reads长度范围超过一定的时候都会报错，问题不大。   如果想要弄成长度一样的序列，可以考虑使用[size=14]fastx_trimmer 或者是...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 15:52

生信入门

问答 在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？

孟浩巍: 从报错的角度来说，是压缩文件解压缩的时候报错。 一般出现这个问题，是文件完整性的问题，建议检查文件的MD5， 如果是gz格式压缩的文件，可以使用： [code]gzip -t filename.gz [/code]来检测文件的压缩是不是有问题。

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 14:45

芯片数据分析

问答 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

孟浩巍: 芯片数据分析，大概可以分成这么几个步骤： [attach]10[/attach] 分别是背景矫正（background correction） -> 归一化（normalization） -> 合并探针 （summarization）   每一步的算法最常用的如下： [attach]11[/a...

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jailyn 回复了问题 2018-08-23 14:47

问题求解 GO分析 R

问答 R进行GO时出现No gene can be mapped....

jailyn: 修改成为“ENTREZID” 之后还是一样的问题。 --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: 818055,837839,839140,831727,832825,839243 --> return NULL...    

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fcdslz 回复了问题 2018-08-23 14:00

没事找事

问答 大咖们好！如何像群主一样优秀 自带关注

fcdslz: 哈哈哈 这个简单  题主你积极回答问题就行了，群主看你很努力回答问题肯定给你也自带关注的！

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苛柯Sin 回复了问题 2018-08-23 13:56

问答 用户如何涨积分？

苛柯Sin: 可以参照生信坑积分规则 http://www.bioinfo.info/?/integral/rule/

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YJSNPI 回复了问题 2018-08-23 12:15

没事找事

问答 测试交流区

YJSNPI: pdf test

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 11:32

Python rpy2

问答 有没有用过python调用R程序的模块rpy2的朋友，被这玩意弄疯了

孟浩巍: 我也遇到过这个问题，可能是python版本的问题，建议用2.7试试。

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正负匿 回复了问题 2018-08-22 22:41

测序序列 聚类分析 算法

问答 常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？

正负匿: Biopython下有个聚类分析的模块Bio.Cluster，应该是包括了大多生物问题里需要的聚类分析方法了，可以看看 https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/cn/chr15.html

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-22 22:26

建设意见

问答 希望论坛设置一个新手入门专版

孟浩巍: 我觉得你的想法非常好！我们的内容会逐步积累起来，后期还会有咱们自己的培训课程。

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