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常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么?及其使用的了什么算法?
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常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么?及其使用的了什么算法?
测序序列
聚类分析
算法
对序列相似性进行进化树绘制或绘制热图等。题主想解决的问题是:目前手上有一批测序数据,可能污染或者实验未知问题,里面有很多未知的序列,想对这些序列进行聚类分析,看看这些未知序列的是否来源相同。
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孟浩巍
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用户来自于: 北京市丰台区
2018-08-22 18:16
一般对于这种问题,主要是2种思路。第1种是基于kmmer的,就是统计kmmer出现的频率来区分序列。第2种就是直接进行多序列比对。
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正负匿
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用户来自于: 中国
2018-08-22 22:41
Biopython下有个聚类分析的模块Bio.Cluster,应该是包括了大多生物问题里需要的聚类分析方法了,可以看看 https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/cn/chr15.html
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Winjor
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这家伙很懒,还没有设置简介
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发布时间
2018-08-22 16:51
更新时间
2018-08-23 11:30
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