Kevin_Lyu 回复了问题 2018-08-25 15:30

R 多线程

问答 服务器上的Rstudio 怎样调用多线程并行运算

Kevin_Lyu: 还没干过特意用R跑多线程的事儿呢，微软的 R open 是默认多线程的，而且运行速度比原始的R会快很多，了解一下？

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-25 13:05

生信入门

问答 亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程？

孟浩巍: 我觉得，ChIP-Seq最标准的流程，当然是跟着ENCODE的pipeline走咯！ [url=https://www.encodeproject.org/pages/pipelines/#DNA-binding]ENCODE-ChIP-Seq处理pipeline[/url]

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-25 13:04

基因组注释

问答 为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？

孟浩巍: 因为两个组织注释的方法不同啊！ 如果你都打开hg38，比较每一条染色体的长度和具体信息，都是完全一致的。 gene注释的话，NCBI应该是RefSeq + 部分预测， Ensembl是自己的Havana + 部分预测，方法和策略都不相同。数目的差异主要集中在lncRNA等非编码RNA的数量上。 所以...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-25 13:01

RSutdio

问答 如何在Ubuntu 14.04 server版上安装Rstudio，并在网页上实现绘图功能？

孟浩巍: 安装server版的Rstudio以后是通过网页访问和调用服务器资源的，可以直接画图，和本地几乎没有区别。

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-25 13:00

FASTQC 软件使用

问答 使用Trimmomatic切除接头后做FASTQC

孟浩巍: 首先要明白什么是tile，tile是Illumina测序的时候，1条lane里面的1个小方格，而1个tile里面又有非常多的测序cluster。   这个提示的意思就是说你数据里的tile太多了，人家就不给你画每一个tile的质量分布图了。   仅此而已。

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fcdslz 回复了问题 2018-08-25 01:21

Affy芯片 芯片数据分析

问答 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

fcdslz: [attach]41[/attach] 终于找到了   原来是这么个玩法   那我都删了也行了

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jailyn 回复了问题 2018-08-24 23:19

问题求解 R heatmap 聚类分析

问答 用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图

jailyn: ph = pheatmap(x,cluster_cols = F, cluster_rows = T, kmeans_k = 6) 用这个命令画出来成下边这个样子了 [attach]40[/attach]

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-24 23:15

电脑配置

问答 请教一个电脑配置的问题

孟浩巍: 建议： 1. CPU最好是8代以后的i5或者是i7，如果是本地运行R的话，主频需要高一点，最好是3.5GHz以上； 2. 内存最少16GB； 3. 硬盘一定要SSD； 4. 系统，我个人推荐黑苹果，其次是windows，最后是裸奔Linux。   以上。

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-24 23:09

芯片数据分析 R Affy芯片 质量控制 RNASeq数据处理

问答 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

孟浩巍: MAplot是一个非常好的质控图，无论是在芯片数据分析中还是在RNA-Seq数据分析中都是经常使用的。   假设有ctrl和treat两组数据，gene K的表达量分别是 ctrl[K] 和 treat[K]，   MAplot的X轴就是每一个gene的几何平均数的log2值， M[K] = 0.5...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-24 22:55

Cytoscape 生信分析 miRNA_mRNA互作分析

问答 测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？

孟浩巍: 不知道你是什么物种，因为动物和植物的miRNA还是挺不一样的，这里我以动物的miRNA为例。   1. miRNA几乎都是1对多的调控，甚至出现1个对几百个gene的情况； 2. 一般动物里面常用targetScan的结果当做miRNA的靶标预测结果，里面有打分，打分的高低显示gene可能受miRN...

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jailyn 回复了问题 2018-08-24 13:06

日常吐槽贴

问答 想说爱你不容易

jailyn: 做完之后，感觉像十项全能

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晨曦生辉耀匕尖 回复了问题 2018-08-24 12:17

建网页

问答 请问各位有什么好的建实验室主页的bootstrap等模板么

晨曦生辉耀匕尖: 你可以去网上查一下v3bootstrap，里面有很多的模板随便挑，你试试能不能行

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有你就足够 回复了问题 2018-08-24 11:26

没事找事

问答 墙裂建议公众号扩大点影响力

有你就足够: 确实需要推荐，生信相关的网站比较少

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i_thinking 回复了问题 2018-08-24 11:12

edgeR 批次效应 差异表达

问答 如何在差异表达前消除批次效应

i_thinking: 可以试试deseq2

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Eric 回复了问题 2018-08-24 10:33

生信入门

问答 seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？

Eric: 常用的例子都有 [url]https://github.com/lh3/seqtk[/url]

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