HISAT2建立索引

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HISAT2建立索引有必要加上提取剪切位点和外显子信息这两个参数吗？比如

extract_splice_sites.py Mus_musculus.GRCm39.104.gtf > Mus_musculus.ss

extract_exons.py Mus_musculus.GRCm39.104.gtf > Mus_musculus.exon

hisat2-build --ss Mus_musculus.ss \
               --exon Mus_musculus.exon \
               Mus_musculus.GRCm39.dna.primary_assembly.fa \
               Mus_musculus.GRCm39_tran

还有就是extract_splice_sites.py 、 extract_exons.py这两段脚本怎么获取，是hisat2安装后自带的吗？

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2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-30 17:17

关于HISAT2建立索引问题，加上提取剪切位点和外显子信息这两个参数可以提高比对的准确性，特别是对于转录本组装后的基因组注释信息不完整的情况下，这两个参数可以帮助HISAT2更准确地定位剪切位点和外显子区域，从而提高比对的准确性和灵敏度。下面是具体的操作步骤： 1. 先使用extract_splice_sites.py脚本从GTF文件中提取剪切位点信息，生成.ss文件： ``` extract_splice_sites.py annotation.gtf > annotation.ss ``` 2. 然后使用extract_exons.py脚本从GTF文件中提取外显子信息，生成.exon文件： ``` extract_exons.py annotation.gtf > annotation.exon ``` 3. 最后使用hisat2-build命令建立索引，加上--ss和--exon参数，指定.ss和.exon文件，并指定参考基因组序列文件和输出的索引文件名： ``` hisat2-build --ss annotation.ss --exon annotation.exon reference.fa index_name ``` 注意，extract_splice_sites.py和extract_exons.py这两个脚本是HISAT2自带的工具，可以在HISAT2的安装目录下的scripts文件夹中找到。如果系统中没有安装HISAT2，需要先安装HISAT2才能使用这两个脚本。希望这份回答对您有所帮助！

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-31 23:40

1. 可以不加SNP信息；和RNA的剪接位点信息；

2. 后面两个python脚本是自带的。

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关于作者

: 起始于南农 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-30 17:13

更新时间: 2023-05-31 23:40

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