对突变组和对照组的某基因表达量做T检验

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WGCNA筛选到感兴趣的模块后，如何找这个模块的hub基因呢？

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参考基因组添加外源基因序列进行比对

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请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？

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根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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噬菌体比较基因组分析流程

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？

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多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?

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