为什么我在做go的时候，用clusterProfiler富集没有结果，但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢？代码如图 - 做专业的生信问答网站

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为什么我在做go的时候，用clusterProfiler富集没有结果，但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢？代码如图

GO分析

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-21 14:30

有可能是使用的gene 背景不同，你可以把qvalue的cutoff设置成1，pvalue的cutoff也设置成1，把所有的输出结果与你网页上GO的结果对比。仔细查看一下具体富集到某个通路的gene数目。我的经验是，clusterprofile的富集结果更严格一些。DAVID的结果和clusterprofile的结果基本一致。

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发布时间: 2018-09-21 12:16

更新时间: 2018-09-21 14:30

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