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RNA-seq count值和fpkm值不对应

RNASeq数据处理

各位大佬好，最近做RNA-seq遇到些细节问题。

请问我在进行RNA-seq 数据分析时，利用featurecount进行基因的定量，同时利用stringtie进行fpkm计算，我对样本的fpkm值计算平均值后画散点图，但是利用featurecount得到的矩阵用deseq2差异分析，获得的差异基因，对点进行标注，发现有的被认为是上调的基因，fpkm值却是下调的，如图所示，

有考虑原因是stringtie和feature count对于reads的选择不一样。

想请教大家造成这样的原因是啥，以及featurecount能用上的reads这么少，对于文库的分析有什么参数需要调整吗？以及哪个才是正确的信息呢？非常感谢大佬解答

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-08-15 17:18

stringtie和feature count对于reads的选择不一样。

这个是有可能的。

主要是你load BAM到IGV去看看大概情况，然后手算几个，大差不差就可以了。因为里面可能会有一些其他对count的矫正。

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发布时间: 2023-07-20 23:26

更新时间: 2023-08-15 17:18

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