最近在试着练习一篇文章《Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks》，使用的文章所用的ncbi的数据，通过tophat 比对 cufflinks组装 cuffmerge 合并转录本之后。   进行到分析差异时， 命令cuffdiff -o diff_out -b genome.fa -p 8 –L C1,C2 -u merged_asm/merged.gtf\./C1_R1_thout/accepted_hits.bam,./C1_R2_thout/accepted_hits.bam,./C1_R3_thout/accepted_hits.bam \ ./C2_R1_thout/accepted_hits.bam,./C2_R3_thout/accepted_hits.bam,./C2_R2_thout/accepted_hits.bam 在集群服务器中，运行第一阶段就用了7个小时还没运行完，我将之kill，通过查阅资料说是运行时间过长要加一个参数 --max-bundle-frags 其默认值为500000，我缩小至50000，[size=13]（[/size][size=13] [/size]cuffdiff帮助文档中原文--max-bundle-frags           maximum fragments allowed in a bundle before skipping [ default: 500000 ]）   所得数据与原文数据产生了很大的差异，label C2 在表达量分析中基本为0， 我得到的图 [attach]241[/attach][attach]242[/attach] 文章的图 [attach]243[/attach]  我想找到其中原因，是不是我设的[size=13]--max-bundle-frags太小了？？？在前边几步未出现error，当然这一步改参数前后也未出现error，在集群服务器中我也看不到我进行至哪一步我结束的进程，用过的大佬或跟我出现过同样问题的能否帮助我找到问题，非常感谢。[/size]