什么是nomalized read count，和RPKM是什么关系 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2647: 浏览

什么是nomalized read count，和RPKM是什么关系

转录组比对

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-08 10:17

楼上你说的……有点问题的…… [size=14]normalized read count 主要是对测序量进行校正，比如1个case测了10M，1个case测了20M。最简单的办法就是直接对case 2 除以2，但是真实算的时候不是这么算的，有不同的方法。理由是，基因的表达量不是线性变化的。[/size]

赞同 1 1评论

小赛尔注册会员用户来自于: 广东省
2018-09-07 23:27

已解决，normalized read count是read除以片段长度除以总read数，与RPKM可直接换算。

赞同 0 0评论

关于作者

: 小赛尔 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-07 13:13

更新时间: 2018-09-08 10:17

关注人数: 2 人关注

相关问题

riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 2253 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

一个cohort中，某基因count大于多少才有意义？: 1164 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

为什么我的R count用不了呢？: 3276 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

想画一个染色体类似于条形码的图，大家有什么建议: 2448 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？: 2769 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

the accessibility of sgRNA binding to the target site是什么意思，有详细解答嘛: 2538 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

表观遗传学未来发展趋势是什么？: 1972 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 6196 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响？: 2688 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？: 2927 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

推荐内容

问不同比对软件出的结果能进行比较吗？: 2004 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 reads比对的统计: 1905 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 2178 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025