无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因

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如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?

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如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因

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请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？

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如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads

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如何在Ubuntu 14.04 server版上安装Rstudio，并在网页上实现绘图功能？

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ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？

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请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

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如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

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如何判断GO号的层级？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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