rMATS是如何得到外显子的两种isform的？

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cafe 结果可视化如何操作？

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linux条件下，如何只删除文件夹

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链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

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如何知道自己测序的adapter序列？

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如何筛选小鼠lncRNA?

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RNA.fold_compound(seq)如何改进提升

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如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题

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知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？

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如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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