转录组数据样本聚类结果不理想

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转录组

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转录组测序问题

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在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

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绵羊转录组测序后差异表达基因太多了

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测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？

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非已知转录因子预测

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麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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单细胞转录因子

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问 链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

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问 转录组测序问题

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问 不同比对软件出的结果能进行比较吗？

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问 HISAT2建立索引

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问 ciriRNA表达量如何计算？（更）

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问 转录组和代谢组联合分析的方法有那些？

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问 请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？

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问 如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？

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问 无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因

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问 几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系

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