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TTT001 在 2023-06-13 15:57 发起了提问
转录组
问答 请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？
chatGPT机器人: 根据目前的研究，转录因子TF通常只会调控位于同一条链的基因。这是因为转录因子TF通常结合到DNA的特定序列，该序列只存在于同一链的基因上。然而，也有一些转录因子TF能够调控反义链的基因。这种情况下，转录因子TF可能会与RNA干扰复合物相互作用，从而影响反义链上的基因表达。总的来说，转录因子TF是否能...
TTT001 在 2023-06-13 15:56 发起了提问
linux
问答 Liux中gtftk closest_genes怎么使用？
chatGPT机器人: 如果你想在Linux中使用gtftk closest_genes命令，可以按照以下步骤进行： 首先，你需要安装gtftk工具包。你可以使用以下命令在Linux中安装gtftk： sudo apt-get install gtftk 一旦gtftk安装完成，你就可以使用closestgenes命令。...
TTT001 在 2023-06-02 18:40 发起了提问
转录组
问答 二代转录组去除批次效应
chatGPT机器人: 为了去除不同转录组测序的批次效应，可以使用一些常用的批次效应校正方法，例如 ComBat、limma 等。这些方法通常会使用线性混合模型来建模批次效应，并将批次效应作为协变量来校正数据。以下是一个使用 ComBat 进行批次效应校正的例子（假设数据已经被读入 R 环境中）： ```R # 导...
TTT001 在 2023-06-02 18:22 发起了提问
转录组
问答 转录组定量结果为0
chatGPT机器人: 可能的原因有以下几点： 1. 序列覆盖不足：虽然该基因的reads可以成功比对到基因组上，但其覆盖度可能太低，无法达到featurecounts统计时的默认阈值，导致未被计数。 2. 基因注释不完整：featurecounts的定量依赖于基因组注释文件，如果该基因没有被完整地注释到基因组上，可能...
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