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请问hemmer是否可以使用转录组搜索HMM库？

目前有组装好的黄瓜转录组，试图从中筛选lncRNA。现在用的同源比对软件是blastx，看到有文献使用的是hmmer，但从hmmer userguide来看，好像只可以用蛋白序列搜索HMM数据库。或者我需要从现有转录本identify ORF，翻译，再与HMM数据库比对

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海王坑前台管理员用户来自于: 北京市
2018-09-17 19:53

###############################谢邀 #hmmer是要用蛋白序列分析的，分析的目的是筛选lncRNA的话，用pfam的数据库

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关于作者

: summer 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-09-17 18:31

更新时间: 2018-09-17 19:53

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