使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1018: 浏览

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错Mapping left_kept_reads to genome xxxx with Bowtie [FAILED]，原始代码

For single-read sequencing

TopHat2/TopHat-Fusion

tophat2 -a 6 --microexon-search -m 2 -p 10 -G knownGene.gtf -o tophat hg19_bowtie2_index RNA_seq.fastq
bamToFastq -i tophat/unmapped.bam -fq tophat/unmapped.fastq
tophat2 -o tophat_fusion -p 15 --fusion-search --keep-fasta-order --bowtie1 --no-coverage-search hg19_bowtie1_index tophat/unmapped.fastq

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 09:39

目前只看报错不能判断问题。

chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。

1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？

2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？

能复现错误，之后才好进一步排查。

赞同 0 0评论

关于作者

: m_79ebf5bf0169deebb7c741e4d3cb8be7 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-22 21:30

更新时间: 2023-05-23 09:39

关注人数: 2 人关注

相关问题

关于tophat2 + cufflinks 得到的差异基因和featureCounts差异基因数目相差太大原因: 863 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc: 949 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？: 872 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

R语言中，不使用pheatmap画出的热图，怎么加上颜色变化的图例: 1092 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

三代测序使用进行gmap比对: 834 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

不同样品中寻找特异的OTU: 903 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？: 901 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本: 700 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下，使用conda install deeptools之后，出现如下报错，如何解决呢？: 925 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

关于scrublet的使用: 1036 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 646 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢: 747 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads: 561 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bowtie2使用报错，求助啦: 1006 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 664 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问转录本坐标转换成基因组坐标: 1100 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问关于生存分析的问题: 491 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问不同样品中寻找特异的OTU: 903 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值: 773 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问画heatmap出现错误提示: 554 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024