使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2814: 浏览

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错Mapping left_kept_reads to genome xxxx with Bowtie [FAILED]，原始代码

For single-read sequencing

TopHat2/TopHat-Fusion

tophat2 -a 6 --microexon-search -m 2 -p 10 -G knownGene.gtf -o tophat hg19_bowtie2_index RNA_seq.fastq
bamToFastq -i tophat/unmapped.bam -fq tophat/unmapped.fastq
tophat2 -o tophat_fusion -p 15 --fusion-search --keep-fasta-order --bowtie1 --no-coverage-search hg19_bowtie1_index tophat/unmapped.fastq

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 09:39

目前只看报错不能判断问题。

chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。

1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？

2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？

能复现错误，之后才好进一步排查。

赞同 0 0评论

关于作者

: m_79ebf5bf0169deebb7c741e4d3cb8be7 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-22 21:30

更新时间: 2023-05-23 09:39

关注人数: 2 人关注

相关问题

通过SRA编号寻找对应的文章: 1719 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

GATK和Samtools联合寻找变异: 2799 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 4036 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

使用fastp软件对fastq文件质控的问题: 3082 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

sambamba使用: 2204 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

软件安装问题——使用ubuntu出现的问题: 2227 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

不同样品中寻找特异的OTU: 2383 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

bowtie2使用报错，求助啦: 2455 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？: 2509 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？: 2830 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 sc-ATAC数据质控: 2409 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何批量下载SRA数据库中的数据？: 2715 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢: 2466 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 3397 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 2775 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值: 3136 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问安装R包sf报错: 3408 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）: 2317 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 4036 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025