mhcflurry的使用

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生信软件

这个软件应该怎么用

使用时报错ValueError: 96 peptides have nonstandard amino acids: ['VHSEQLQKIL' 'HSEQLQKIL' 'SEQLQKIL' 'EQLQKIL' 'VHPEQLQKIL' 'HPEQLQKIL' 'PEQLQKIL' 'IHSEQLQKIL' 'FHSEQLQKIL' 'FHPEQLQKIL' 'IHPEQLQKIL' 'VHPEQLQKIS' 'HPEQLQKIS' 'PEQLQKIS' 'EQLQKIS' 'IHSPELSKVL' 'HSPELSKVL' 'SPELSKVL' 'PELSKVL*']

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-14 13:55

作为生物信息学家，我可以回答你关于mhcflurry的使用问题。

首先，mhcflurry是一个基于机器学习的工具，用于预测肽段与MHC分子的结合亲和性。下面是一些使用mhcflurry时需要注意的细节：

你需要安装Python和mhcflurry软件包。
你需要准备一个FASTA格式的文件，其中包含你想要预测其结合亲和性的肽段。
你需要一个MHC分子的参考序列。
你可以使用mhcflurry train命令来训练一个模型，也可以使用预训练的模型。
你可以使用mhcflurry predict命令来预测肽段与MHC分子的结合亲和性。

至于你提到的报错信息"ValueError: 96 peptides have nonstandard amino acids"，它意味着mhcflurry无法处理一些非标准氨基酸，例如"*"或其他未知的氨基酸。你需要检查你的肽段序列并删除其中的非标准氨基酸，然后再次运行预测命令。

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: 是筱贺吖 问题大王
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-14 13:48

更新时间: 2023-06-14 13:55

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