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HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

生信问题

如题。

同样一条序列，使用HHblits在PDB70数据库中比对，无法得出高质量的比对，使用hhsearch也得出同样的结果。

但使用网页端的HHpred就可以注释出来。

并且我手动确认了，网页端HHpred注释出的domain id在我本地运行hhblits所用的pdb70数据库中存在。

但是它就是比对不出来。查看github官方文档也没有提到具体该如何使用HHsuite去复现HHpred的结果。

故来此请教该如何使用命令行版本的HHsuite，实现与网页端HHpred相同或类似的比对效果。

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-26 18:31

首先，需要确认使用HHpred网页版得到的结果中使用的是哪个数据库。HHpred网页版默认使用了UniRef90数据库进行比对，而HHblits则使用PDB70数据库。这可能是造成差异的原因之一。如果需要得到与HHpred类似的结果，可以尝试使用UniRef90数据库进行比对。其次，可以尝试调整HHblits的一些参数，以改善比对效果。例如，可以尝试调整迭代次数、E-value阈值、gap扩展惩罚等参数，以找到最适合的参数组合。可以使用HHblits的--help命令查看各参数的含义和默认值。另外，HHpred网页版还使用了PSI-BLAST算法进行预处理，以进一步提高比对效果。可以尝试在HHblits之前使用PSI-BLAST进行预处理，以得到更好的结果。最后，如果以上方法都无法改善比对效果，可以考虑使用其他的比对工具，例如HMMER或者BLAST，以找到更适合的工具和参数组合。总之，要得到与HHpred类似的比对效果，需要综合考虑数据库、算法、参数等因素，并进行适当的调整和优化。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-26 19:57

我有几个建议：

去读一下官网的mannual，然后看看是否有不同；
提交的时候，看看有没有暴露后端提交的代码，因为网页版本质上还是命令行计算，看看他们的参数怎么设置的。
实在不行，写邮件给作者。

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这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-26 18:21

更新时间: 2023-05-26 19:57

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