用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗

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用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗

生信分析

物种为鱼，样本数量120，分为6个群体，每个群体20个样本，6个群体又可分为A、B两大类，2个群体属于A大类，4个群体属于B大类。

目前手上有参考基因组fasta文件，参考基因组注释gff文件，各群体比对结果的bam文件，call SNP结果的VCF文件。

想筛选出A大类或者B大类有哪些受选择基因，做GWAS好像数量不够，能够用选择消除分析吗？不知道有哪些区别，影响大不大。

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-17 11:55

可以考虑使用选择消除分析来筛选受选择基因。选择消除分析是一种基于基因频率的方法，可以通过比较不同群体中基因频率的差异来识别受选择基因。相比于GWAS，选择消除分析不需要大样本量，可以在小样本量下进行。在本例中，由于样本数量较小，可以考虑使用选择消除分析来筛选受选择基因。首先，需要将样本按照A、B两大类进行分类，并使用比对结果的bam文件和参考基因组注释gff文件进行基因注释。然后，使用call SNP结果的VCF文件进行基因频率的计算，并比较不同群体中基因频率的差异，筛选出受选择基因。需要注意的是，选择消除分析只能识别出经过强烈选择的基因，对于弱选择或者复杂选择的基因可能无法识别出来。此外，选择消除分析也会受到样本数量、样本分布等因素的影响，需要谨慎解释结果。

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发布时间: 2023-05-17 11:16

更新时间: 2023-05-17 11:55

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