在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

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请问有谁知道这张图是如何绘制的吗，在NCBI的Conserved Domians模块没找到可以直接导出的地方

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ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？

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cafe 结果可视化如何操作？

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chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢

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如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

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如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？

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如何批量绘制多条折线

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如何在差异表达前消除批次效应

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3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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