在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

芯片数据分析

比如limma的使用手册中就是先计算出差异表达的探针，再对探针进行注释的。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-31 22:23

我个人的理解是这样的， 1. 芯片在进行设计的时候，并不是1个gene只设计1种probe，而是1个gene设计多种不同的probe，这些probe有的可以代表不同转录本，有的可以代表相同的转录本。 2. 单色芯片的核心假设是，整体gene表达不变，也是基于这个假设对芯片扫描的光点进行校正的。所以，要先比较探针的差异。 3. 最后注释的时候，一般都会有多个probe对1个gene的情况，这个时候可以参考注释文件，来确定probe的设计原则，比如对于相同gene不同转录本都共有区域的probe，则可以选择进行平均差异；对于不同转录本的probe则可以代表不同转录本的差异表达量。简单来说，芯片的分析都是基于probe的，从扫描到矫正，再到最后的差异检测，注释反而是一个最后的过程。

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发布时间: 2018-08-31 22:08

更新时间: 2018-09-09 21:07

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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